为是由共产党人发起和组织的，后来的事态也确实证明这种指责是正确的；但是这种指责对鲍林夫妇并没有产生影响。他们喜欢墨西哥城——爱娃热爱世界各国的民间艺术，花费了很多时间在市场上搜寻能够丰富自己收藏的工艺品——但觉得此次会议索然无味，充斥着庇护苏联、攻击美国的冗长发言。轮到鲍林发言时，他采取了自己惯常的讲话风格。他的主旨发言既包含社会主义者典型的反帝言论——“我们看到世界上一些国家正致力于推进垄断性的工业扩张计划和建立经济帝国，在这些富裕和强大的邻国的经济压力下，弱小国家被迫放弃自己的国家主权，”又包含对美国和苏联两国执行的限制自由、积极备战的政策所作的意味深长、不偏不倚的谴责。与会者没有听到预料中的又一篇单方面谴责美国伦的讲话，对鲍林的发言反响平平。
除了政治迫害以外，引起恐惧的因素确实很多。墨西哥城大会后三星期，苏联宣布原子弹试验成功。再过了一周，即1949年10月1日，中华人民共和国正式成立，世界上人口最多的国家被置于共产党掌管之下。
是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施不当以致“丢失中国”，原因可能是政府内部有一小撮颠覆分子，由此掀起了一场内部清洗运动。国务院内最后一批新政分子被清除了出去，美国的外交政策进一步向右转。
苏联的原子弹更加使人胆战心凉。原子弹试验的强光一闪，似乎美国的核保护伞——美国人用以抗衡苏联重兵的唯一手段一下子破裂了。其实，人们忘记了多年来美国的原子科学家对人民的不断提醒：苏联拥有原子弹只是一个时间问题。冷战斗士们坚持认为，这里面有间谍活动，必须把原子弹间谍搜寻出来。媒体更是推波助澜，大肆渲染各种谣传。一时间，对赤色分子及其同情者可以任意指责并罗织各种罪名。
到1950年的时候，随着世界上事态的发展以及国内反共潮流的高涨，大多数自由主义者转而接受一套新的、更加“强硬”的信条。然而，鲍林却依然故我，既不改变自己的主张，也不调整宣传自己主张的方式。他坚持说，中国人有权决定治理自己国家的方式，包括必要时通过革命来实现自己的选择。他坚持说，苏联的原子弹不是一种威胁，而是“对全世界人民的一次警告，有利于推动各国政府通过联合国组织恢复谈判，以便对原子能技术建立一套有效的国际监控机制”。
更多的人从原来的立场上退缩，鲍林则成了众矢之的。加州特尼委员会保存的有关鲍林的案卷越来越厚，里面满是他关于原子弹和公民权利讲话的剪报，其中很多来自共产党报纸。例如，作为特尼委员会重要情报来源的《工人日报》，对于鲍林发表的每次演讲和参加的每次抗议集会，都要在显著版面加以报道。到1949年下半年，特尼委员会已把鲍林定性为“加利福尼亚煽动分子”的领导人。
联邦调查局和反共报纸也充分利用了这份鲍林档案。鲍林的名字经常出现在右翼势力编制的赤色嫌疑分子的名单中。然而鲍林对这一切都置之不理，他顽固坚持独立立场，我行我素，并坚信自己是正确的。
注意分寸
然而，加州理工学院院长杜布里奇却不能置之不理。杜布里奇的父亲来自中西部，是基督教青年会的体育教师。按照一位科学史专家的说法，杜布里奇是一个“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作”的人。他相对比较年轻——与鲍林年龄相仿，身材瘦削，长着一副娃娃脸，擅长募集资金，有出色的行政管理能力，与华盛顿方面有着密切的联系。他的自信心甚至可与鲍林媲美。举例来说，谈及他在大战期间指导的雷达实验室取得的成就时，他常挂在嘴上的一句话是：“原子弹仅仅结束了战争，而雷达却赢得了战争。”
杜布里奇在锣鼓声中来到了加州理工学院，立即全力投入了使学院现代化的工作中。他首先向学院过时的行政管理机构开刀，解散了鲍林在其中担任重要职务的教师一董事联合委员会，代之以相互独立的董事会和系主任委员会。对鲍林来说，这既是一件憾事，又是一件幸事。一方面，鲍林自战后在学校里的影响力被削弱了，但另一方面也使他摆脱了大量他所不喜欢的行政事务。杜布里奇大力精简机构，改造密立根过时的工资体系，几乎使每个教师都长了百分之三十的工资。他的这一举措深得人心。正如理工学院一位化学教授回忆时说的，这是学院“黄金时代”的开始。
鲍林却对此不置一词。他从20年代起就认识杜布里奇，当时这位青年物理学家以国家研究委员会成员的身份到理工学院访问工作了两年。两人的关系说不上密切，但相互称呼时可以略去姓氏，在社交场合经常见面，各自都仰慕对方的学识。
然而，在杜布里奇到理工学院任职后不久，两人之间原有的一点感情却开始冷却起来了。鲍林与新院长就是合不来。其中部分原因可以归之于学校建设方面的分歧。杜布里奇是物理学家，在老朽的密立根的领导下，理工学院物理系已经失去