认为对这一疾病的治疗应建立在组织被破坏和再生的平衡之上。治疗的诀窍在于让肾脏得到充分的休息。阿迪斯对鲍林说，肾脏的主要功能是将尿素集中起来排出体外。尿素来源于蛋白质的新陈代谢。为了治愈这一疾病，鲍林的肾脏需要处理较少的尿素，这意味着需要减少蛋白质的摄入量。
鲍林从阅读的有关肾病的文献中早已了解到，其他的一些肾病专家并不同意阿迪斯的观点。他们指出，在饮食中需要蛋白质以使肾脏得到最大限度的再生。而在另一方面，另外一些专家则照例会放弃对患布赖特症病人的治疗。阿迪斯至少作出了尝试来治愈这一种疾病。
一连好多天，阿迪斯跟踪分析鲍林的排尿量、沉淀物数量和尿素清除率，有时他把鲍林带到自己的实验室，亲眼观察尿样分析的结果。他每天都和这位明星患者进行交谈——有时他们一起喝茶，而喝茶是阿迪斯每日必不可少的一项仪式——两人发现他们有很多相似之处。阿迪斯相信科学的测量是进行诊断的基础，这正好与鲍林不谋而合。两人讨论肾脏的功能，讨论血红蛋白的新陈代谢，还讨论政治：阿迪斯是海湾地区最为激烈的反法西斯主义者，民权运动的支持者和苏维埃俄国的信仰者，他采用了社会主义的路线经营自己的诊所。
在阿迪斯的诊所里度过两周后，他俩成了好朋友。一天，阿迪斯走进病房告诉鲍林可以回家了。他的测试表明鲍林的病情可以通过低蛋白和无盐的饮食得到控制，这样可以减少尿素的产出，并降低组织的浮肿。爱娃将确保鲍林坚持这一饮食方案；阿迪斯已经给了她一些建议。他会在斯坦福继续关注鲍林病情的发展，每星期都会对他的尿样进行分析。他嘱咐鲍林说，躺在床上，注意饮食健康；不要过度劳累，以便让肾脏得到修补的机会。
这听起来十分在理。回到帕萨迪纳后，鲍林被安置到了书房的一张床上，开始按阿迪斯的嘱咐限制饮食，主要吃些水果、谷物、蔬菜，并补充适量的维生素、矿物质和大量的水。他将通信缩减到了最低限度，将大多数的行政职责委派给了斯特迪文特，并埋头于神秘小数，希望借此来暂时停止对科学的思考。爱娃成了他的护士和营养师，精心为他准备食物，在新买的天平上精确地称出每样配料的重量，计算总的蛋白质和盐的摄入量，并把所有的数据都记在本子上。如何让无盐、无肉的饮食有滋味成了向她本人的一项挑战。除了日常的香蕉和动物胶之外，她有时还从园子里抓几个蜗牛，用麦片喂养几日，然后清蒸，这对于饮食单调的鲍林而言不啻于一餐美食。爱娃对鲍林解释说，蜗牛的蛋白质非常低。
阿迪斯的食物疗法开始奏效。鲍林强迫自己呆在床上，起先是一整天，然后是半天。四个月之后，浮肿消失了；六个月之后，鲍林发现自己的精力和兴致恢复到了正常的水平。他经常和阿迪斯通信，偶尔去拜访他，并成为阿迪斯疗法的信徒。后来他提名阿迪斯为国家科学院院士，并确保了他的当选，并在战争期间帮助他获得政府资助以继续肾病的研究。他坚持低蛋白饮食达15年之久，并将他的生命和健康归功于阿迪斯的医学思想。而阿迪斯对鲍林说，是爱娃拯救了他：其他很少有病人能够这样做，这样虔诚地坚持这种饮食。
对鲍林的同事而言，他的康复被视为一种奇迹。一开始，甚至有人十分认真地在讨论化学系在失去鲍林之后将何去何从。现在不到一年，鲍林就恢复了健康，而且看上去比任何时候都更好。休斯回忆说：“我们原以为会失去他，然而此后的许多年中，我发现他痊愈之后一年比一年更加年轻了。”
1941年9月，鲍林的感觉十分良好，他决定去参加芝加哥大学的五十周年校庆，庆典的高潮是向五十个学术领域中五十名佼佼者授予荣誉博士的称号。鲍林高兴地接受了荣誉化学博士学位。他重新开始投入到科研项目中，包括他的抗体研究，并开始把他给一年级新生上课的备课笔记编成了一本教材。
然而，正在此时传来了日本袭击珍珠港的消息，这一科研项目连同其他许多项目一起被搁置了起来。
炸弹和火箭
美国在1941年12月7日正式加入战争，实际上证实了加州理工学院师生的预见。在珍珠港事件发生后的几天内，73岁的密立根就指派了一个委员会来保证学院的安全。人们主要担心日本人搞破坏和轰炸，而且委员会在珍珠港事件后的狂乱中有些神经过敏。战争初期的几个星期有些像一出喜剧，成队的学生手执斧头柄在重要的建筑周围巡逻。有人向鲍林建议说，在盖茨大楼和克莱林大楼的每个实验室外都配备武装警卫，但是他说服校方，只要晚间派一个巡夜人就足够了。学者们将他们的思想从宇宙的结构转向国产防毒面具的制作，以及在爆炸时防止玻璃四处乱飞的方法。鲍林和每一个接受军方合同的科学家一样，被取了指纹并接受了安全审查。
比这些表面上的变化更为重要的是战争给学院带来了大笔的金钱。在华盛顿，加州理工学院的查理·劳利森成了军用火箭的狂热推动者，他让军方确信，尽管学院在战前对火箭的研究甚少，但是可以成为