写信说：“我十分希望能有机会与您谈论一下蛋白质理论。”鲍林的反应十分热情；他们互相交换研究论文。林奇又一次写信给鲍林：“我仍然急切地想与您促膝长谈。”在1937年春天，鲍林写道：“她是一个非常聪明的人，我也赞成她现在正在做的理论推测。无疑，她的理论中蕴藏着许多事实。”不过他怀疑林奇提出的氨基酸六边形环是否稳定，是否足以替代多肽链，而且他对于林奇完全运用数学方法来研究环醇的方式也持保留意见；十五年前，他也见过一些纯粹建筑在和谐对称的数学逻辑而非实验数据基础上的晶体理论，他曾经证明其中一些理论是错误的。他认为，自然界并不严格遵循数学理论，即便遵循的话，这些理论也会相当复杂，允许有大量的偏差和一定的特殊性。鲍林开始认识到，林奇过于沉湎于创造一种“完美的对称结构”，而不是那些根据化学规律自然生成的构造。他觉得没有任何化学上的理由要求蛋白质形成环醇结构。
到了1938年，韦弗对林奇也产生了怀疑。他询问了一些科学家对于林奇的意见，但是结论并不一致——有些人认为她是一个天才；有些人则认为她的理论荒诞不经。韦弗自己开始将她视为“一条怪鱼”。她的价值在于引发讨论，但是，她把许多时间花在培植自己的信徒上，而很少花时间去证明自己的理论。他希望对环醇问题有个明确的答复，并请鲍林帮助他，因为鲍林“是极少几个不会被林奇的数学技能吓倒的人之一”。韦弗在1938年1月，即鲍林在康奈尔大学的时候，安排两人见面。
然而，在两人面对面坐下来之前，鲍林已经胸有成竹。鲍林在刚刚抵达纽约州伊萨卡的康奈尔大学的时候，就在《纽约时报》上看见一幅林奇“爱不释手地玩弄她的球蛋白精制模型”的照片，标题是“蛋白质分子的建筑”。鲍林从模糊的照片上就判断出，环醇的鸟笼结构过于精细，内部过于空旷，不符合已知的球蛋白内部密度很大的事实。在预定会面前的两个月，鲍林、莫斯基、马克思·伯格曼和韦弗在洛克菲勒医学研究院对林奇的工作进行了一次讨论。韦弗的在日记中写道，鲍林不仅确信林奇的研究过于依赖于推理，过于追求形式上的对称，他还觉得林奇的研究尚处于早期阶段，不应该受到如此大规模的宣传。伯格曼补充说，她对肽键的重视不够；大家一致认为、她提出的周围都是强共价键的鸟笼结构不会轻易被打开，难以解释变性的第一阶段——鲍林认为变性逆转的过程涉及到氢键。最后的结论是，在1月份两人见面时，鲍林将“尽力精确地了解林奇获得了哪些明确的成果”。
林奇来到冰天雪地的伊萨卡，满心渴望着与鲍林面谈。但是两人持续两天、每天两小时的会谈只是证实了鲍林的想法。鲍林对林奇的模型结构严加盘问，发现她对数学所知甚多，而对化学的经验事实所知甚少。
他递交给韦弗的有关此次会谈的秘密报告彻底否定了林奇。鲍林说，林奇是以数学家的身份来研究这一问题的，“感兴趣的是从假设出发的严密推理，而不是蛋白质的实际结构”；“她对于用实验数据来验证其理论并不十分热心”；“林奇博士能够熟练地运用化学家和生物学家的词汇，但是她的论据有时并不充分，她的信息流于肤浅。”
更为主要的是，他批驳了一个能够包容288个氨基酸结构的思想。他写道，没有一种已知的化学力量将蛋白质分子限制在这一数目；许多蛋白质或者蛋白质成分之所以接近这一大小，是由于进化的某种压力，而不是化学必然性的结果u鲍林推翻了林奇的这一理论支柱，并证明她缺乏蛋白质化学知识，并总结说，林奇的论文“不诚实”。他接着说，遗憾的是，蛋白质研究人员“不知道她的科学态度与他们的截然不同，因此受到迷惑，把她的研究工作当真了。”
他说，与林奇见面唯一积极的一点是，他重新获得了研究蛋白质问题的力量：“在与林奇博士谈话之后，我觉得应该将我的思想写出来。我一直讨厌这么做，因为猜测的成分太多；然而我认为这些猜测比林奇博士的理论要高明。”韦弗鼓励他大胆想象。
就洛克菲勒基金而言，鲍林的报告彻底断绝了多萝西·林奇的财路。在谈话时鲍林严厉的批评和刨根究底的追问使林奇大惊失色。她垂头丧气地回到了英国。那里，她又遭到了伯纳尔和朋友们的更多攻击。韦弗在英国的代表W·E·迪斯戴尔，在读到鲍林的评论后写道：“林奇充当了催化剂的角色，但是我不知道在反应被催化之后，催化剂还有没有继续存在的必要。”
在从康奈尔大学回到加州理工学院之后，鲍林集中精力展开了对蛋白质结构的研究。现在他在克莱林实验楼中拥有设备精良的实验室，学生和博士后研究人员人数也在不断增加。他开始拍摄更多的天然蛋白质的Ｘ射线照片，希望在阿斯特伯里和伯纳尔的成果之外再发现一些有价值的东西。同时他还开始运用泽希迈斯特的色谱法技巧来分离和提纯蛋白质碎裂后的碎片，希望通过解决这些碎片的结构来了解整个蛋白质的结构，也许可能按照氨基酸在蛋白质链中的顺序来重建整个蛋白质。
不过他仍