这本书条理清晰，使用的语言也是化学家喜闻乐见的。鲍林故意剔除了几乎所有的数学公式以及量子力学的详细推导过程，而注重描述现实世界中的实例。书中到处是分子的结构示意图；尽管涉及的内容很广泛，但是十分通俗。
这本书的出版立即引起了热烈的反响。一封来自依利诺伊大学教授的信代表了多数读者的想法：“我忍耐不住激动的心情，提笔向您表示祝贺。我觉得这是我读过的最出色的化学著作之一。”鲍林将此书献给路易斯。路易斯写道：“我刚过完一个短假。我随身携带的书包括几本侦探小说和你的‘化学键’，而后者更为令人着迷。”再说，此书的销售情况也很好。
很快，《化学键的本质》一书成为全国大多数最好的大学采用的标准教材。它后来共出了三版，被翻译成法语、日语、德语、俄语和西班牙语，在几乎30年的时间里一再印刷。这本书将成为新一代化学家的圣经，并成为科学史上被引用最多的参考书之一。
在1939年，只有一个人对这本书提出了批评意见。这本书通篇的口气绝对自信，哈佛大学的化学家基斯塔科夫斯基在《美国化学学会学报》上发表的一篇大体肯定的评论中忍不住说：“鲍林博士如此成功地解决了本领域中的许多问题，所以可以理解他在书中流露出来的认为帕萨迪纳研究成果绝对正确的态度和他有些像教皇般的口气。”
与鲍林一起进行血红蛋白研究的合作者查尔斯·科耶尔读到了这句话。当他在校园里又一次看见鲍林的时候，他高声地向“教皇莱纳斯一世”致意。鲍林觉得这个称呼非常有趣，但是提醒他说，在罗马天主教早期已经有一位叫莱纳斯的教皇，所以更贴切的称呼应该是教皇莱纳斯二世。
当鲍林在1938年年初从康奈尔回到加州理工学院的时候，他发现科里在这几个月的时间里，在对氨基酸结构的研究上取得了惊人的进展。在失业阴影的压力下，科里日以继夜地工作着，在甘氨酸结构上的研究已经接近尾声。鲍林惊喜万分，同意科里继续他的研究工作，并将研究范围扩大到二酮哌嗪，由两个甘氨酸组成的环状结构，以获得有关肽键的知识。
科里精力充沛，一丝不苟，并创新地运用了许多Ｘ射线分析的新技巧。他很快就攻克了二酮哌嗪的结构，随后又在1939年与加斯·埃尔布莱希特合作，详尽地描述了甘氨酸的结构。这两篇论文成为蛋白质结构理论发展的里程碑。
科里将在加州理工学院度过其学术生涯的后二十年，成为鲍林Ｘ射线实验室里的得力助手。他们两人的性格迥异，而正是这种差异使他们的科学合作获得了巨大的成功。科里的长处是细致、精确，逻辑严密，这正好填补了鲍林理论灵感的火花和跳跃性思维留下的空缺。科里谨慎，鲍林果敢；科里性格内向，鲍林脾气爽朗；科里出言谨慎，鲍林性急口快。鲍林冲在前面，满脑子都是蛋白质的宏伟构思；而科里总是耐心地去获取所需的Ｘ射线数据，并一再劝戒鲍林不要冒失地发表尚不能肯定的观点。
他们的合作可谓是珠联璧合。
1938年5月16日，鲍林作为加州理工学院化学和化学工程系主任，在公开场合第一次发表了重要讲话。这是新落成的供有机化学研究的克莱林实验室的捐献仪式。实验楼共有6层，地下3层，地面3层，把化学系和生物系联结在一起。由鲍林牵头，向洛克菲勒基金提出的赞助申请很爽快地得到了批准——加州理工学院将在五年时间里获得25万美元，包括招聘新教授的经费，购置克莱林实验室专业设备的款项，以及鲍林自己的结构化学项目的每年1万美金——能将诺伊斯身前最后一个项目变成现实，鲍林感到十分自豪。参加仪式的人群中有加州理工学院的所有最高领导，以及南加利福尼亚地区许多有钱有势的男男女女。
鲍林的讲话简短扼要。他站在露天的讲台上，春风吹拂着他的头发。他谈到了将在新的实验室里进行的研究工作，说在这里一小群科学家将探索“对人类生命具有深刻影响的知识，而对这些知识的认识才刚刚起步。……以及研究化学结构和生理活动的关系……”。捐助这幢楼的爱德华德·克莱林是一个退休的钢铁巨头，他用更朴实的话说出了自己的期望：“……如果这种研究不能找到什么仙丹的话，那么至少可以更好地了解生命的过程，可以为人们带来更加健康、更加长寿的幸福生活。”人们对他俩的讲话报以礼貌的掌声。接着鲍林一一同现在和潜在的捐款人握手，最后才开始动手将仪器设备搬进新的实验室。
克莱林实验室标志着跑林生活中新的一章的开始。实验室的完成不仅扩大了他的实验场地，而且进一步确立了他的领导地位。他能够为实验室配备最优秀的人才，最现代化的设备——Ｘ射线光谱仪，超高速离心机，电子衍射仪——并以此将化学推向新的方向。他对实验室和捐助人满意之极，以至于与爱娃商量，将他们的新生儿取名为爱德华德·克莱林·鲍林，让所有人都颇感意外。（鲍林说：“护士建议给孩子取名为卡布斯，我们没有同意。”）
他们的家庭生活也进入了