在1937年1月乘火车来到帕萨迪纳进行协调。他发现局势比他担心的还要糟糕。鲍林和密立根切断了彼此之间的所有联系。密立根本人开始管理生物有机化学资金，尽管他对此一窍不通。鲍林则高傲地呆在一边，等待着对他有利的决定。
韦弗首先和鲍林坐下来谈。有个能够理解自己的人来听自己的牢骚，鲍林把郁积在心中的话一股脑儿都倒了出来。他说，他担心不能很好地平衡自己在学术和行政上的时间。看看诺伊斯的情况——他事无巨细地处理着学院的事务，而本人在实验室里却没有搞出任何有价值的成果。系主任在新的系务委员会制度下不过是一个傀儡，没有决策权，却要为那些不是自己作出的决定接受旁人的洁难。而且在一些他本人就可以处理的小事上，他也需要浪费大量时间与委员会商量。鲍林还说，他对于不给他实验室主任一职极为不满，因为尽管对外人来说似乎这无关紧要，但是在他领域里的其他科学家眼中，这个头衔具有实际的重要性。工资问题也相当重要，因为他现在的收入比其他系主任的工资要低得多。
韦弗觉得鲍林的话有理有据，他开始对这位青年学者产生了一种新的敬重。接着，鲍林又让韦弗看了自己在8月10日写的拒绝信，要他坦率地说出自己的看法。韦弗读了一遍，说这封信“语调生硬，甚至有些厚颜无耻”。他告诉鲍林，与行政委员会的成员相比，他还太年轻；提他为系主任表明理事们对他非常信任，可以说是对他的一种恩赐。他的答复不仅没有感谢这种荣誉，而且没有给出他这一决定背后的理由。看上去似乎鲍林把系主任一职又扔回到他们的脸上。这是一种羞辱。所以毫不奇怪，他们让他干等着。那天晚上，韦弗在日记中写道：“鲍林似乎心说诚服地接受了我的批评，并沉痛地表示自己犯了一个大错。”
在教训了一方之后，韦弗开始和另一方理论，告诉密立根鲍林的忧虑以及对化学系的计划。他说，这个年轻人在长时间的等待中仍保持了清醒的头脑，这难能可贵，而且鲍林对于洛克菲勒基金是十分重要的。他请求密立根能够理解。
在韦弗回到纽约之后，密立根和鲍林开始对话，意在确定一种双方都能够满意的体制。在诺伊斯去世几乎一年后的4月份，鲍林将好消息通知了韦弗。“在与您谈话之后，我找到密立根教授，决心消除我们之间的隔阂。我们没费什么功夫就达成了共识，我相信每个人都会满意的。”鲍林当然是满意的。他将保留系主任和系务委员会主任的头衔，他的工资将提升到9000美元。
在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛头露面，外出旅行，讲演，提高学校的知名度，并吸引大笔的赞助。其他的一切事务都委派别人去做。他说：“作为行政管理人员，我出于某种原因，养成了把几乎所有事情都交给别人去办的习惯。”他让自己以前的研究生斯特迪文特当了自己行政方面的助手。这一选择十分正确，因为斯特迪文特务实、果断——他负责化学系的仪器车间，在日常行政事务之外还设计并制造了一些精密的化学仪器设备——在一个教授的记忆中，他是“我所认识的人中最能干的一个”。
大多数其他的日常决策都由系里的一些常设委员会来制定。甚至连新的系务理事会机构这样一个棘手的问题，也非常容易地解决了：对任何新教师的录用或是别的重大决策，鲍林并不采取所有教师投票的办法，而是通过小范围的投票来解决。在此，鲍林同样显示了他的才干：在投票之前，鲍林都会先去试一试水温，通过非正式的谈话达成一致意见，这样就避免了许多公开的争论。教师会议简短有效，多数教授喜欢这种形式。
在获得系主任提名后的几个星期，鲍林在给一个朋友的信中写道：“非常感谢你关于我的新职位的来信。我不知道将来会怎么样，但是到目前为止事情并没有朝坏里发展，因为除了在一些最无关痛痒的事情以外，我都成功地逃避了任何责任。”
关于鲍林“独裁”倾向的忧虑看来是言过其实了。也许全系的科研重点有所转移——诺伊斯偏好的是无机物理化学，而鲍林注重的是新的生物有机化学——但是教师们很快就意识到，不会发生什么大的变动。系里的生活平稳、和谐地延续着，至少在表面上看来如此。
只有少数例外。托尔曼，作为诺伊斯的好朋友，客客气气地和鲍林保持着距离；在客套之外，他们的关系再没有热络起来。另外一个是唐·尤斯特，一个固执己见、独来独往的无机化学家。鲍林记得他“有些跟我作对”，也许是因为尤斯特对化学系的重点偏离自己的领域心怀不满，也许是因为鲍林对上回尤斯特没能找到他所预言的氙化合物仍耿耿于怀。尤斯特在加州理工学院一直呆到退休，经常和鲍林对着干，在系里的许多决策中他是唯一的反对票。他也不刻意隐瞒自己对鲍林的敌意，有时候发展到两人一句话也不说的地步。
除了这些偶然事件外，加州理工学院化学系在鲍林的领导下不