来他动摇了。随着时间的推移，他在鲍林身上发现了一些令他不快的东西，一些与自己的价值观大相径庭的品质，这不得不令他对自己交班的计划再斟酌一番。尽管他的绰号叫亚瑟王，他实际上只是一个贵族。他信仰合作的、公司式管理模式，首席执行官在采取行动前需要听取拥有相当实权的教师委员会的建议；教师们通过自己的委员会，实际上左右了系里的多数决策。诺伊斯不喜欢德国化学研究所中的管理模式——大师的研究工作处于中心地位，其决策权威不容质疑。诺伊斯的管理形式正是在考察了德国模式之后的个人创造；他认为，德国模式造就的是追随者，而不是具有独立思维能力的学者，“这一体系的结果常常是，领头的一位杰出人物不堪烦琐的行政事物的重压，而手下是一群差强人意的学者。”
随着鲍林研究工作的扩展，他在许多方面采取了诺伊斯所不愿意看到的态度。在鲍林的实验室里，鲍林决定应该问什么问题，并用什么手段来回答这些问题；他指派别人来为他解决问题，而不向他们传授独立思考的技巧。在这令人激动的学术环境中，卓有成效的研究工作有条不紊地开展着，鲍林的学生和博士后从来不抱怨；他们正在学习一种化学新思维，日后将帮助他们叩开各地最好的研究中心的大门。
抱怨来自其他的教授。鲍林不仅以德国模式来经营自己的实验室；他还捍卫自己的利益和自己的研究，而把整个系的需要放在第二位。一位教授将这种风格称为“富有侵略性的管理风格”，那些现在和鲍林平起平坐，很快将在他领导之下工作的教授们并不欣赏这一种风格。在30年代中，系里出现了一股反对鲍林的思潮。年长的同事视他为一个妄自尊大的人；年龄相当的同事则嫉妒他的一举成名。这是一种长兄式的嫉妒：每个人都知道鲍林深受国王宠爱，是“诺伊斯的心腹”。鲍林正致力于自己的研究工作，既没有时间，也没有兴趣来平息同事们的怨气。
诺伊斯对此非常担心，同时对鲍林不问学院大事的态度也深表忧虑。这位年轻人对自己事业的奉献精神是毋庸置疑的。他不合群，首先是为自己，其次是为化学系，最后才是加州理工学院。他对于学术政治一窍不通，也毫无兴趣；他对学校当局下达命令，而不是提出请求。密立根不喜欢他。诺伊斯在自己的门徒身上发现了令他困惑的急躁和不讲情理。随着鲍林越来越成功，这种倾向愈来愈明显了。
另一方面，鲍林出色地履行了自己在系务委员会里的职责，而且是一位极其出色的教师。他对于系里的课程安排，特别是本科生学习化学的方式还有那么点兴趣。也许可以指导他更关心一些学院方面的事务。在30年代早期，诺伊斯草拟了一份计划，让青年教师参加一个政策委员会，通过与加州理工学院行政管理人员的协商来“了解学院的问题和想法”；在化学系中，他提名鲍林和托尔曼参加。还有一次，鲍林记得，诺伊斯指定他为化学系的“执行官”。诺伊斯设立这一职位也许是为了给鲍林创造一块最终登上系主任宝座的垫脚石。“但是作为执行官我没有做任何事情，”鲍林说。“他没有让我承担任何职责。”
正当诺伊斯迟疑不决的时候，在1935年初他受到了致命的打击：他被确诊患有结肠癌。医生告诉他，他唯一的机会是立即动手术。诺伊斯被手术吓坏了，坚决反对这样做。除了海耳、密立根和几个最亲近的朋友，他没有把病情告诉任何人。他开始离开学校，一个人独处。有时在学校附近圣帕斯科的小屋，有时在科罗那得马的海边别墅里。在那里，他可以静静地欣赏海鸥翱翔，海浪翻滚，耳边是海风带来的海滩上人们的欢声笑语，脑海中浮现出科德角的浪花和自己在意大利阳光灿烂的日子。在那里他可以暂时忘却学校的烦心事。
尽管诺伊斯竭力隐瞒自己的病情，学校里不久就已传得沸沸扬扬了。
鲍林的反应正是大家最害怕看见的。多年以来他就期待着能够取代诺伊斯，现在看来时机到了。需要立即作出一系列的决策，包括有机化学的发展计划，与洛克菲勒基金的长期关系，以及由于大萧条造成的新的化学楼的延期。诺伊斯似乎放弃了任何决策，而鲍林需要知道下一步将会发生什么，特别是他继任系主任的时间表。但是没有一个人跟他提过这件事。诺伊斯处于半隐居状态，而密立根则对他敬而远之。最后，鲍林决定自己采取行动。1935年7月，他借俄亥俄州立大学给他的一份邀请，要求和密立根讨论一下自己的处境。
这次会面是一场灾难。密立根是诺伊斯的亲密战友，对于朋友的疾病感到很忧虑；他目前最不愿意处理的就是鲍林显而易见的又一次加薪的要求。鲍林抱怨经费紧缺，告诉密立根应该拨给化学系更多的资金，还提醒他在别的大学中化学相对于物理的优越地位，由此会谈的气氛急转直下。密立根根本就不屑于回答鲍林的这些问题；在他看来，只要诺伊斯一息尚存，还是化学系主任，经费的问题完全不用鲍林来操心。接着他意识到了鲍林此行的真正动机：他需要保证自己在诺伊斯死后获得系主任一职。密立根勃然大怒。他强压怒火，对鲍林说，学校没有