他说，与矩阵力学相比，原子波动图“非常清楚，十分诱人”。
像对待任何物理学中有价值的新思想一样，索末菲尽可能早地在慕尼黑介绍了波动力学。鲍林在第一学期参加了一个讨论会，分析薛定谔早期波动力学论文的校样稿。薛定谔本人也在1926年夏天来到慕尼黑宣讲自己的学说，鲍林在座。在这位奥地利人的讲座结束时，一个满头浅棕色乱发、一脸孩子气的年轻人从教室后面跳了起来。他就是海森伯。他对人们这么快就接受薛定谔的理论感到异常愤怒，而且担心自己的矩阵体系会被搬到一边。他当面质问薛定谔，他的电子波理论如何解释诸如光电效应和黑体辐射这类量子化过程。薛定谔还没来得及回答，慕尼黑实验物理学研究院院长，德高望重的诺贝尔奖金获得者维尔海姆·维恩怒气冲冲地插话道：“年轻人，薛定谔教授将来肯定会解决这些问题的。你必须理解现在我们已经不再相信量子跃迁这一派胡言了。”薛定谔冷静地补充说，他深信最终他的方法会澄清所有的问题。
这是两种世界观的碰撞。海森伯日渐确信，从根本上来说，原子是不可知的，原子水平的实际情况是不可想象的。原子现实是不可能用经典理论来想象或描述的；只能够通过他奇特的新颖数学公式来认识。而薛定谔同样确信，原子肯定具有一些经典物理学的性质。尽管两人在公开辩论中保持着彬彬有礼的态度，但是他们私下的书信往来表露出了他们之间的敌对情绪。薛定谔依然称量子跃迁是“怪异的”，海森伯则断定薛定谔坚持原子有形是无稽之谈。
新量子力学的矩阵理论和波动理论都比旧的玻尔—索末菲原子模型——以下称为“旧的量子理论”——来得优越，两者都能以较少的矛盾解释多得多的实验结果。泡利告诉鲍林，他在双原子分子上的辛苦工作是白费力气，因为它支持的不过是一个过时的体系。确实“没有意义”。
同时，泡利也意识到，鲍林跨学科的体系为新的量子力学提供了一个极好的试验。鲍林的理论提出，旧的量子理论预测磁场对氢气的介电常数会产生可以测得的效果。泡利告诉他，这很可能是错误的；新的量子力学的预测结果是没有影响。如果鲍林能够以新的量子力学公式来计算他的体系，他可以发表那篇被认为是支持旧的量子理论的论文。不过，这次的用意在于驳斥旧的量子理论。
来自帕萨迪纳的试验结果进一步否定了鲍林关于磁场效应的预测。在此之后的几个星期里，鲍林又运用新的力学重新进行了运算（他借鉴了海森伯和薛定谔两人的公式）。他说，计算结果显示，“旧的量子理论显然不成立，而新的量子理论成功了。”对鲍林来说，旧的量子理论也死亡了。
在苏黎世会议结束后两星期给诺伊斯的一封信中，鲍林写道：“我现在正埋头于新的量子力学，因为我觉得原子和分子化学需要它。”对鲍林和每一个物理学界人士来说，新体系的明显优越性很快就体现了出来。不久之后鲍林说：“旧的量子理论与实验结果不符，而新力学与自然十分和谐。在旧的量子理论无言以对之际，新力学雄辩地说明了真相。”
爱娃喜欢他们在欧洲的日子。她和莱纳斯再次补上了从没度过的蜜月。尽管鲍林的工作日程很紧——大多数夜晚他都在房间里伏案运算，而爱娃则在一边读书或者练习德语——他们仍旧有时间娱乐。他们在慕尼黑听歌剧，参观美术馆；他们经常去新建的德国博物馆，那里有大量的科学展品，周末到阿尔卑斯山去爬山，有时也去欧迪赌场跳舞。“我喜欢和莱纳斯跳舞，他的舞跳得棒极了，”爱娃在那年夏天写道。“我们配合得天衣无缝，大跳别人不会的小步舞。”爱娃远非一个普通的社交伴侣。鲍林夫妇几次受邀到索末菲的家去作客，爱娃给所有的人都留下了良好的印象。当索末菲听说她会弹琴时，就让人把自己的一架钢琴搬到了鲍林家。和在加州理工学院一样，爱娃陪莱纳斯去听讲座和讨论会，甚至还去每星期在咖啡屋举行的物理学家专业聚会。很多时候她是在场的唯一女性。那年夏天，她骄傲地写信告诉诺伊斯：“一个德国小伙说，连我在内，理论物理学院有5个美国人。”
在慕尼黑过了几个月后，鲍林成了美国学生联谊会的常客。与一对和他们同住一幢楼的美国博士后纪列民兄弟一起，莱纳斯和爱娃组成了非正式的来访美国学生欢迎委员会，向新来的学生介绍这座城市和大学，然后带他们到自己最喜欢的咖啡屋去向他们介绍最新的科学发现——或者谈论更重要的话题，比如奖学金是否够用。
在与爱娃母亲的通信中，他们时刻追踪着小莱纳斯的健康、心情和成长。尽管两人都很想念孩子，他们很高兴没有带孩子一同来，因为这会给他们带来太多的家务和麻烦。到慕尼黑几个月后鲍林写信给诺伊斯说，“我对妻子清醒头脑的敬重与日俱增，因为当初我曾竭力主张把孩子带来。”
唯一的阴霾发生在7月初，他们收到鲍林妹妹露茜尔的来信，告诉他们关于母亲的坏消息。贝莉的健康急剧恶化，被送进了塞勒姆一所主要用来治疗精神病人的州立医院。鲍林马上回信说：“妈妈的消