式更名为早稻田大学，成为如今享誉日本乃至世界的一所私立大学。由于它当时的收费就较高，所以冈村宁次在其中学部仅仅读了一年多一点的时间。
当然，冈村宁次在早稻田中学辍学，也不仅仅是出于家庭经济上的考虑。他是武士后裔，其父宁永虽然落魄而又无可奈何，但其本性上对所谓“自由精神”是格格不人的。特别是他的母亲是个性格刚强的妇人，做梦都希望自己的儿子能出人头地、重振家业，后来冈村宁次步入军旅，每晋升一次职务和军衔，她都狂喜一番；当冈村宁次中年丧妻时，她竟能不顾耄耋之躯替他拉扯孩子，好让儿子无后顾之忧地专致于“事业”，可见其功名心之炽热丝毫不逊于其子。冈村宁次奉父母之命离开早稻田中学，自然不是辍学在家做一个无所事事的浮浪少年，而是紧接着靠母亲四处活动拜托到的关系，进入了东京陆军幼年学校，目的是为下一步进入日本陆军士官学校铺垫道路，最终成为一名能指挥千军万马的帝国军官。
那时日本的所谓陆军幼年学校，其实就是陆军少年军校。明治维新开始后，在西方列强日益渗透的压力之下。当权者环顾字内，认识到在“强权即公理”的环境中建设国家近代化军队的重要性。明治新政府成立不久，参谋本部长山县有朋就向天皇上奏说，当今“万国对峙”，列强“论兵之多寡，急于论国之贫富”，充实军备是当前“燃眉之急”。从此把最初提出的“富国强兵”发展顺序，调整为“强兵富国”，确立了把“强兵”作为国家首要政策的军国主义路线。日本人做事之前习惯于考察对比，汲取别人的长处。山县有朋、西乡从道等人通过对欧美各国军事制度的考察，发现德国的那一套最适合日本效法。德国军官的培训是非常系统的，他们从少年娃娃抓起一经过初级正规军事学校的培养才能成为一名合格的少尉军官；此后有发展前途的军官还需进入中高级军事学校去学习深造。所以，德国军官的底子普遍扎实、军事素质高。而且军队作为一个武装团伙，讲究协作和集体主义，少年娃娃初谙世事即选拔来一起学习，也易养成职业军人的军官团精神。这样，在山县有朋等人考察回国后的大力鼓吹倡导下，日本陆军逐步建立了从幼年学校、士官学校到陆军大学一套完整的军官培训体系。
当时日本陆军在东京、名古屋、神户等地建有多处幼年学校，其中以东京的陆军幼年学校为最好，校长往往由有大佐军衔的人来担任，其他地方的学校一般是中佐、甚至由少佐来做校长。那时的日本还很穷，政府的财政相当紧张，据说神户陆军幼年学校刚开办时，校长和教官要在草席棚里办公、备课。相对而言，东京陆军幼年学校就好多了，校舍是当时尚不多见的楼房建筑，冬天烤火用的燃煤供应及时而充足，夏天时当局还时常能供应一些冰块，以防止学生们在操场、野外演练时中暑晕倒。由于财政方面的原因，陆军幼年学校的学生虽然要穿着军服，但还不能享受正式军人的待遇。冈村宁次在校学习期间，他的父母每月要向校方交付6.5日元的食宿费和杂费，该数额大致相当于现在的3万多日元。每月交这么点钱今天看来不算多，但考虑到那时一个日本熟练工人的月俸也只有10—20日元，这笔食宿费和杂费就不算少了，对冈村家也并不是一个很轻松的负担。
1898年（明治31年）9月，冈村宁次身穿草绿色军装参加了入学典礼，从此迈出了他毕生军人生活的第一步。当时这所学校的主管叫关谷铭次郎，是个满脑子渗透着武士道精神和军国主义毒汁的人。他经常教导学生，要想成为一名合格的陆军军官，就要严于律己，刻苦奋斗，尽忠于天皇；就要在战争中勇冲猛杀，视死如归，为日本今后的东征西杀建立功勋。冈村宁次铭记着他的训戒，一心扑在学习上，无论是课堂听讲还是室外术课操练，都认真而卖力，所以学习成绩一直是不错的。
在东京陆军幼年学校，许多学生来自于名门望族或富裕家庭，他们自视政治经济地位优越，时常结伙欺负别人。爱打抱不平的冈村宁次为了回击他们的挑衅，也开始拉帮结派组成自己的团伙。其中有永田铁山、小(口克)敏四郎和黑木亲庆等人。
永田是冈村宁次在这所学校读书时最要好的朋友，彼此相互亲昵地称呼“铁”和“宁”，后来他曾官至陆军省少将军务局长。小(口)克也是冈村在陆军幼年学校时的挚友，他俩在同一个学员区队，性格、脾气很合得来，后来的最高军阶为陆军中将，并在战后的东久迩内阁中担任过国务大臣、永田和小(口克)在战前和战时的日本军界内部纷争中，分别是著名的“皇道派”和“统制派”的核心人物，任何一本较详尽的日本军事史总要提到这两个人的名字，他们确确实实都是有些呼风唤雨、兴风作浪之才干的人。
这时期还有一位后来没有多大“出息”但人品很好的挚友，就是黑木亲庆。黑木头脑清楚、聪明，尤其长于外语。他不是一个擅长于交际的人，与他交往的人不多，但一旦交往他即忠于友谊。黑木与冈村在幼年军校时也同属一个学员区队，由于他来自熊本县，在东京没有什么亲戚朋友，所以每到星期天和节假日，冈村宁