群岛海域、夏威夷四周，监视敌舰队动向，实施牵制，协助主力作战。这是一个浩大无比的作战计划。如果一切顺利，这支庞大的舰队将分散在中太平洋北部1000海里的水面上。每支部队都将等待着N日后的某个时候，当美国太平洋舰队出现在他们眼前时，便给予其毁灭性的打击。山本五十六对此作战充满信心。幕僚及各舰官兵自珍珠港开战以来，屡战屡胜，大有中途岛不值一击的气势，“几乎所有的人都认为胜利在握”，山本的参谋渡边后来说道，“美国舰队的大部分在大西洋。据此我们相信在太平洋上日本海军居于优势。如果指挥得当，不可能不取胜。”
不过，在机动部队的幕僚中，也有人对这一计划存有怀疑。草鹿参谋长和源田参谋即认为这次的作战计划，仍有以主力舰为中心的倾向，不像是主张以飞机为主力的山本长官的计划。在这一计划中，山本不自觉地将战列舰视作了整个舰队的皇后，只把航空母舰当作了空袭中途岛的尖刀使用，企图先以航空母舰的空袭彻底攻击中途岛基地，在敌舰队出动后，即以主力舰队与之决战。可是万一美国人提前出现，南云的航空母舰就将承受全部正面的压力，而这时山本视之为主力部队的战列舰又在哪儿呢？山本将在南云西面300海里，高须所在的位置更远，将在南云北面近1000海里。“大和”号战列舰虽是世界上最大的战舰，装备有能发射4万公尺射程的大炮，可是以每小时25或26海里的速度，从300海里的地方赶到时，恐怕战争早已结束了。这种安排不能不让人怀疑。如果机动部队受到攻击，真的出现紧急情况，主力部队能给予多少支援，还不如留在柱岛节省些燃料算了。南云所需的警戒和保障还得依靠南云自己来解决。而他的2艘战列舰、2艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰根本无法为他的4艘航空母舰提供有效的掩护。山本这个素来重视航空母舰航空兵的人，现在却一下子在使用航空母舰编队方面犯了重大错误，正是这一战略性的错误，导致了后来中途岛的溃败。
但这丝丝隐忧很快就被笼罩在整个日本海军头上的盲目乐观和骄傲自大的情绪所掩盖，尤其是几个月来在南方海域的扫荡战中晒黑了皮肤、养壮了身体的第1航空舰队的军官们，对于上述顾虑，有的恼怒，有的厌恶，有的扫兴，有的嘲笑逗趣，但就是没有人警觉，没有人预感到灾难即将临头。有一个水上机队，甚至在出发前毫无顾忌地发出一份电报通知说：“6月中旬以后，凡寄交本队的邮件，收件地址一律写‘中途岛’。”也许正是联合舰队的“盲目自大”在捉弄山本吧，他的整个作战部署，竟一直采用原来的密码通讯下达，尽管海军军令部在舰队启程驶往中途岛之前的5月1日，决定改变原来使用的“吕密码”和乱数表，但由于一直忙于组织协调中途岛的作战行动，根本没有来得及去顾及如何使用新密码和分发密码册的问题，以致把使用新密码的日期，从原定的5月1日推迟到了6月1日。
由于这一疏忽，山本给自己的对手尼米兹将军提供了难得的机会。受命于危难之际的尼米兹，为了遏制日本的扩张势头，一举夺回在西太平洋地区失去的支配权，准备了用以对付日本的强有力的“秘密武器”，这就是约瑟夫·J·罗奇福特少校所领导的美国海军密码破译小组。
罗奇福特的密码破译小组设在珍珠港一个阴暗的地下室里，门上加封了双锁，里面有24名经过严格训练的情报人员。他们都是一些超出常人的、具有数学天才和擅于处理棘手细节能力的人，整日在不见阳光的绝对安全的密室里，埋头于一大堆字母和数字之中冥思苦想。
1942年四五月间，日本联合舰队异常频繁而神秘的电报，立即引起了罗奇福特的高度警觉，也引起了尼米兹的极大关注。罗奇福特通过侦获到的大量无线电密码通信，初步掌握了日本海军近期将在太平洋中部采取一次大规模军事行动的迹象，但对日军将发起作战的地点，他们并不清楚。这个问题折磨着在珍珠港遭受过沉重打击的美国海军。
不久，罗奇福特在截获的一系列日本人的来往电报中发现日军经常提到一个代号为“AF”的地名。经过初步分析，情报人员认定“AF”就是中途岛。但并不是所有的人都相信这一判断。面对日本海军的优势，开战以来连连受挫的美国人，对山本五十六下一步的进攻方向很有些吃不准了。华盛顿有人估计日军的进攻目标是阿拉斯加或美国西海岸；金上将认为可能是夏威夷；而美陆军方面则担心日军空袭旧金山。的确，查实“AF”的所指直接关系到美军的作战部署。如果“AF”指的不是中途岛，而是中途岛以外的地方，那将使作战部署落空，发生重大错误。罗奇福特恩来想去，最好的办法是让日本人来帮助核实。
5月10日，罗奇福特来到太平洋舰队司令部，与情报参谋莱顿进行了商谈：“能否指示中途岛基地指挥官西马德海军中校，要他拍发明码电报，就说淡水蒸馏设备发生故障，不能使用……”
站在一旁的尼米兹咧嘴一笑。他很满意罗奇福特的这个小小的圈套。于是中途岛遵命用浅显的明码发出了这份诱饵电报。