搭乘美国班机飞往华盛顿的日子。
11月10日，山本又发布联合舰队第三号作战密令：
X日为12月8日。
“X”日是指开战日。偷袭珍珠港的舰队司令官，最后决定由南云忠一中将担任。南云接到山本的任命后立即对所属部队下达作战命令。内容如下：
昭和16年（1941年）11月10日
于佐泊湾旗舰长门号
攻击部队作战命令第一号
一、各舰应于11月20日以前完成作战准备。
二、全舰队集结单冠湾。
三、为保持作战计划机密，在离开本国港湾对部属宣布作战任务之前，务必严守机密。
四、攻击队任务分配（略）。
五、战舰巡航编组（略）。
六、严禁无线电通信。
11月11日，山本及其随从人员乘火车离开东京，在横须贺换乘横须贺航空队的运输机飞往岩国航空大队，在那里登上了前来迎接他的“长门”号。当天与次日，岩国集结着各式军舰。除南方舰队之外的所有舰队司令官、参谋长和资深参谋，都乘船或乘车前来参加联合舰队的作战会议，其中包括执行偷袭珍珠港作战任务的攻击部队的南云、草鹿等人。
13日上午9点，山本离开“长门”号前去参加会议，山本首先致以特别精彩的开幕词，表达了他在开战前按捺不住的心情。随后山本特别强调说：
“在华盛顿举行的与美国的谈判，如果在X日的头一天上午及时以前达成妥协的话，我将命令出战部队撤回。部队接到这个命令就必须立即调转方向返航！”
山本刚一说完，就有二三名指挥官提出意见说，这个要求是不合理的，因为此时已经进入敌阵，怎么可能再停止作战行动。山本听后十分严厉地说：
“养兵千日，就是为了保卫和平。如果哪位指挥官认为接到命令后可以不返航，那么我现在就禁止他出战，请即刻辞职！”
此时，准备参加偷袭珍珠港作战的各舰只，已卸下了一切与作战无直接关系的舰上的东西，如易燃物品、个人用品和装饰品等。武器、弹药、粮食等一应作战所用物资已最后上舰。在陆上各基地接受训练的飞机，也已收回到母舰上来。舰队出发因要绕经北方寒冷地区，所以各飞机的副翼、方向舵、升降舵上都涂上了防冻油膏。
日本人意识到，拥有400架飞机的庞大飞行部队原来在这里不分昼夜进行飞行训练，现在如果它们突然消失，无论怎样注意保密，都会立即成为街谈巷议的话题，更不可能躲过机敏的敌人谍报机关。为了掩人耳目，山本设计了一些假相。在第1航空舰队所属各飞行队撤出航空基地返回航空母舰之后，由九州方面的第12航空队属下的各教练部队进驻。这样，在鹿儿岛、出水等基地仍维持有大批飞机不停地飞行。在通讯方面，驻扎在这里的教练部队和其主力部队之间接连不断互发假报，保持原来的通讯量。
11月17日8点，山本为了赶上给即将启航的“赤城”号送行，下令“长门”号在没有护航的情况下从岩国驶出，开往佐泊湾。下午3点，山本和宇垣及其参谋来到机动部队旗舰“赤城”号上。山本向列队在飞行甲板上的大约100名各级指挥官、参谋及飞行军官训示说：
“这次行动要在不得已开战的情况下，于开战之初就攻击位于遥远的珍珠港方面的美国太平洋舰队主力部队。这次战役能否获胜，将决定我军今后一切战役的命运。
“本来，这次作战要在排除一切困难、出敌之不意的情况下进行，而且作战计划就是在这种思想指导下制定的。然而，美国太平洋舰队司令金梅尔将军是位有远见卓识的人，他的警惕性非常高。因此，金梅尔会事先想到应付一切可能发生的事态，并会采取周密的警戒措施。诸位志士要充分注意，也要预想到发动强攻的可能，必须牢记在心，不可粗心大意。”
山本的参谋长宇垣在日记中这样记述了当时的情景：“主将之言深深铭刻于肺腑。将士们的表情虽然有些可怕，但一般都很沉着，人人下定决心，忠贞不渝。此举固然会有若干牺牲，这是应该预料到的。尽管如此，依靠神情，但愿达到其目的。”
讲完话，山本缓缓走到担任攻击珍珠港飞机队指挥官的渊田面前，默默地握住他的手。山本直视的目光，表达了对这次行动的信心和对渊田的信赖。渊田感到，他自己用以回报的目光同样闪烁着必胜的信心。
18日，“苍龙”号和“飞龙”号在4艘驱逐舰的护卫下离开佐泊湾，向位于千岛群岛的集结地驶去。此后，其他舰船也一艘接一艘地驶出港口，有的沿海岸行驶，有的在离海岸线100海里开外的海面上行驶。与此同时，“瑞鹤”号也与其姐妹舰“翔鹤”号威严地驶离别府，朝单冠湾驶去。至夜幕降临，“赤城”号开始起锚，在两艘驱逐舰的伴随下，像幽灵一样驶向大海。稍后，“加贺”号在佐世保装满了刚刚改装完成的鱼雷，也急速地向集结地赶去。
当机动部队舰