这计划虽然困难，但也不是不可能的。”
源日接受了大西的指示后，悄悄地开始了对山本攻击夏威夷设想的基础研究。为了严格保密，他总是等到夜深人静的时候才躲在室内反复研究。他埋身于一叠叠文件资料之中，考虑地形，研究兵力，时而计算数字，时而伏案苦思。终于在1941年3月上旬完成了第一个草案，并立即送给大西过目。
源田为了使攻击能得到最显著的战果，决定在这个方案中不用单程攻击，而进行轮番攻击。按山本最初的设想，仅用鱼雷轰炸机施行单程攻击。山本认为日本应使其航空母舰在离瓦胡岛500至600海里处放出它们的飞机，由于这一距离大大超出了飞机的作战半径，可以保证舰队的安全，使舰队在攻击完成后能快速离开危险区域，安全返回；飞行员在飞向目标，投下他们的死神货物后，则飞回他们母舰方向的海面，并降落在海面，由驱逐舰或潜水艇把它们从海里捞出。源田比山本信心更足，主张“为了获得最好的战果，全部航空母舰必须尽可能地靠近珍珠港，进行多次反复轰炸，使敌人失去反击能力，以此来保证舰队的安全”。
在轰炸方式上，鉴于高空轰炸的命中率还不高，而浅水发射的鱼雷也还没有在短期内制造成功的希望，源田主张应使用所有的轰炸形式，鱼雷、俯冲和高空轰炸，而尤其要注意使用俯冲轰炸。
主攻目标应是美国航空母舰，战列舰只作为副目标。与山本原计划相反，源田设想主要攻击目标是美国太平洋舰队的远程攻击力量。如果日本能击沉美国的航空母舰，并在自己大多数航空母舰不受损伤的情况下返回，则将获得双倍的优势。美国的海军空中力量被打碎了，而日本的还能发动强有力的进攻，日本将会消灭敌舰队的其余部分，最终使帝国海军可以不受惩罚地漫游太平洋。另一重要目标，是瓦胡岛上陆基飞机，这样可保证珍珠港上空的制空权，并使日本航空母舰免遭攻击。
为了实现上述目标，源田认为只有派出全部的大型航空母舰才能完成这一任务，山本关于只使用一支或最多两支航空母舰舰队的设想，是不可能集中强大的突击力，一举完成上述任务的。源田甚至设定，舰队应从小笠原群岛的父岛或北海道的厚岸湾出发，直到距夏威夷200海里时，攻击飞行队始起飞攻击。
源田离去。大西留下了他的草案，并以此为基础，给山本准备了一份更为详尽的报告。1941年3月10日，大西登上“长门”。号向山本面交了这份草案，它是空军将领的思想与海军中对于空中力量最富有首创精神的思想家意见的折衷。
山本满意地看了这份草案，他需要的就是这样一个设想。随后他进行了进一步的加工和修改，并命大西送呈海军军令部。在军令部作战部，曾是山本参谋长的福留繁少将接待了大西。福留读了草案后相信，这个计划确有很大进步，但按实战要求，还不是最完善、最具体的，若干细目，甚至包括某些关键环节，尚需进行充分研究。
为了扩大讨论，使这项计划最终成为一份可操作的作战方案，不久山本在联合舰队召集第1航空舰队的有关人员，在“长门”号战列舰的长官室里专门就珍珠港作战问题进行了讨论。
山本五十六首先向与会者介绍了袭击夏威夷的大体构想，然后话锋一转说道：“由于珍珠港作战事关重大，一旦失败，整个作战就有垮台的危险，希望在座的作战部队诸位官员，毫无顾忌地提出意见。”
这时坐在山本对面的第1航空舰队司令长官南云忠一海军中将提出了反对的观点：“本职认为这个作战方案本身包含了过多的冒险因素。”南云虽然是一位经历比较丰富的老资格军官，但在他“长期光辉的生涯中”，没有任何与空军有关的事。“南云是一位老式的军官，是一位鱼雷攻击和大规模作战行动的专家。”他的老朋友、第11航空舰队司令长官（土冢）原二四三海军中将解释说，“从背景、受训、经验和兴趣说来，他对日本海军航空兵中的这个主角，都是整个不适合的。当他成为第1航空舰队司令时，他对航空兵的实力和潜力毫无概念”。然而，具有讽刺意味的是，就是这样一位连山本都认为不适合的司令，却在后来成功地指挥了偷袭珍珠港的战斗。不过，目前他却因为自己在这一领域的不足而大唱反调。渊田美津雄在其著作中写道；“山本长官没有回答，他微闻双眼，两臂交叉，侧耳静听。”
“南云长官！”第2航空母舰战队司令官山口多闻海军少将突然问道，“那么，长官认为怎样才好？”
南云海军中将斩钉截铁地说：“集中兵力在南线作战。如果把航空母舰兵力分开，在夏威夷和南线同时作战，恐怕两地的兵力都会感到不足。不管怎么说，珍珠港作战只是一种冒险的阻敌作战。如果成功，固然好。即便如此，也无非可以放心搞南线作战而已，而且因为不是攻击作战，只是一阵风刮过去，不能使战果扩大到以后的战局上。万一失败，整个作战就会前功尽弃，我第1航空舰队兵力将折损一半。这样一来，敌我兵力均势就会崩溃。若是得不偿失，实在令人感到这样搞作战指