0三年他写道：“工业繁兴，机械为用，文明之影，日印于脑，尘尘相续，遂孕良果……”１２似乎只要物质进步了，社会的精神自然就能进步。他后来写《说铂》，写《科学史教篇》，去仙台学习医学，也都是表现了这种确信。可是，他对中国人的劣根性有那样透彻的认识，实际生活又随处可见种种远非物质进步所能改变的病态现象，他对自己的确信，又禁不住要发生怀疑。尤其从仙台返回东京以后，更公开发表相反的意见：“纵今物质文明，即现实生活之大本，而崇奉逾度，倾向偏趋，……必将缘偏颇之恶因，失文明之神旨，先以消耗，终以灭亡。”１３顺着这条“搞物质而张灵明”的思路，他一直走到了替中国传统文化大声辩护的地步：“今世冥通神＊之士之所归也，而中国已于四千载前有之矣！”１４他甚至替佛教辩护，反对占用寺庙来开办新学校：“事理神秘文化，决不为理科入门一册之所范围。”１５从《科学史教篇》的对于科学局限的承认，到《破恶声论》的对中国传统宗教信仰的赞扬，他走得如此之远，现实中病态人心对他的刺激，实在太强烈了。
当鲁迅坐在榻榻米上一支连一支地吸烟，伏案疾书的时侯，他大概没有想到，他写下的这些长篇大论当中，竟有这许多矛盾的地方。历史究竟是进步的，还是不进步甚至倒退的？个人的价值究竟是在自己身上，还是在社会和别人身上？对一个性会的拯救来说，究竟是推动物质进步最重要，还是重建精神信仰最重要？他在东京的那几位朋友，倘若有谁向他追索过些问题的答案，他多半要回答不出的吧，就在那启蒙主义的乐观信仰催促他拿出斩钉截铁的回答的同时，另一种深藏的怀疑却会伸出手来，在半道上截住它们。在那个意气风发的启蒙者的姿态背后，实际上是一颗被各种矛盾纠缠住的犹豫不定的灵魂。
灵魂的矛盾必然会在行为上表现出来。当时的东京，正是中国流亡者云集的地方，许多反抗清朝的政治和军事组织，都以这里作为基地。其中有一个光复会，主干都是浙江人，全神贯注于组织暗杀和会党起义，在反清组织中，态度特别坚决。以鲁迅当时的救国热情，他很快就成为这些团体活动的积极参加者，演讲会也好，讨论会也好，常常都能看到他那双专注的眼睛。他和光复会的关系尤其密切，光复会的实际领袖陶焕卿，就是他的熟朋友。到后来，他更加入这个组织，他的住所，也一度成为陶焕卿存放会旗、标识和其他重要物件的秘密地点。在同伴中间，他的情绪往往特别激烈。光复会会员徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭，结果被恩铭的亲兵剖腹挖心，消息传来，他在东京的一次集会上慷慨陈辞，忽然听到有人在一旁冷言冷语，更大光其火，从此对那人产生反感，久久不能释怀。
可是，这仅仅是他的一面，他还有完全不同的另一面。既然参加了光复会，就要接受领导人的指派，有一次，一个任务落到他头上，让他也像徐锡麟那样，回国去刺杀清廷的某位大员。他当时接受了。可临动身前，他又去找那布置任务的人：“如果我被抓住，被砍头，剩下我的母亲，谁负责赡养她呢？”这很令人扫兴，一个刺客，怎么能这样顾虑重重呢？于是光复会收回成命，不要他去了。鲁迅很爱母亲，他对她将来的生活的顾虑，自然是真实的。但我想，他所以又回去问，却恐怕不止是出于这一份顾虑。要做徐锡麟那样的刺客，需要具备特别的心理素质，其中关键的一条，就是要能信赖集体，将自己完全交出去。鲁迅虽有报国的热情，却不是一个愿意将自己完全交给别人的人，原因很简单，他不能无条件地相信别人。即便一时冲动，时间稍长，他对卑劣人心的体验，对一切冠冕堂皇的东西的习惯性怀疑，势必会一点一点瓦解他的冲动，使他重新犹豫起来。有一次在东京，他目睹一个反清团体的领导人，就在手下人进行军事袭击，随时可能遭难的时刻，坐在那里谈笑风生，仿佛毫不在意，不禁“惊佩不至”，直到许多年以后，还一再对人谈起。１６我够想象他当时的震惊，处在他那样的心境里，恐怕任何人都会和他一样，要从那可能已经丧命的手下人的立场，来重新审视所谓“牺牲”的意义和价值吧。我相信，正是类似这样的重新审视，使他会对朋友这样说：“假如焕卿一旦造反成功，做了皇帝，我们这班老朋友恐怕都不能幸免！””他对陶焕卿都如此看，怎么可能义无反顾，跑回国内去当杀手呢？
鲁迅虽然有种种充足的内心理由，但在当时那样慷慨悲歌的气氛里，他又早作过“我以我血荐轩辕”的宣誓，结果却中途变卦，推卸使命，对人对己，总有点不大好交代。因此，这件事一直成为他的一块心病，将近二十年后，他还不断地为自己解释。他多次对许广平说：“革命者叫你去做，你只得遵命，不许问的，我却要问，要估量这事的价值，所以我不能做革命者”，“我看事情太仔细，一仔细，即多疑虑，不易勇往直前”，甚至坦率承认：“这其实还是革命以前的种种刺激的结果。”１８这都是直接的解释。有一次许广平问他对暗杀的看法，他回答说：“一，这不是少数人所能做，而这类人现在很不多，即或有之，更不该轻易用去；还有，是纵使有一两回