员素质参差不齐，蒋的俄国朋友加伦将军领导着这支苏维埃式的学员队伍，并采纳了鲍罗廷的意见，即以托洛茨基的红军为模式训练军队，使之能在正式操练中正步行走，而且熟悉现代战争的技能——所有这一切都是有政治目的的。
学员们肯定都被相互对立的学说弄糊涂了。共产党人在给学员讲课时带来的是热情和苏维埃式的作风，国民党则有很多人忙于宣传孙博士的新思想。
然而在国民党这一边，已存在明显的意识形态不统一的迹象。
军校的政治委员廖仲恺代表了左派，他们热心于同俄国人和中国共产党人进行全面的合作。国民党宣传部长汪精卫是中间派人物，他最先组建国民党，支持与俄国人联系，是因为孙博士倡导这样做。而保守的右派胡汉民则公开反对这样做。
蒋介石的立场是模棱两可的，而且使其同事们颇感困惑。
在赴莫斯科之前，他满腔热情地与布尔什维克合作。他从俄国回来后改变想法这一事实几乎无人知晓。
孙逸仙忽视了蒋的具有相反意见的赴俄考察报告，廖仲恺也未重视他的来信。这时，他还未决定公开反对共产党人，他仍然亲近地同俄国人共事，特别是加伦将军。因而他通常被看作是左派阵线中的一员。
军校的资金很缺乏。因为革命政府本身就很穷。
当时，云南和广西的两支军阀部队占领着广东，他们被认为是“友好的”，因为他们曾帮助孙打败了陈炯明。事实上，这两支军队的司令杨和刘对革命并无特别兴趣，只想饱肥私囊。
与其它地方的大军阀和土匪一样，他们也非法强征税款，而且从富裕的地方商人那里敲榨勒索。孙的税收法和实施权力是有限的。杨和刘对黄埔军校持敌视态度，因为这所学校正在训练一批似乎要给这些军阀制造麻烦的军官，所以，他们继续为自己大肆进行掠夺。
孙仍不能得到海关税的收入。北京政权拥有获得在付完庚子赔款后的海关剩余收入的权利，而这是被与此利益相关的各国列强们所承认的。1923年春天，孙博士曾要求允许他的政府获得广东海关收入的余额，列强拒绝了孙的请求。
同年11月，孙公开宣称他将通过武力夺取海关收入的余额。列强们在英国的煽动和唆使下，派出一支强大的国际联合海军舰队开赴广东，孙博士义愤填膺，他召开了记者招待会，宣布如果列强们不帮助他，他将转而求助于苏俄。
当英国工党政府于1924年1月上台执政时，孙的希望上升了，并以国民党的名义发贺电给拉姆齐、麦克唐纳，但麦克唐纳没有承认国民党。当时国民党正在召开第一次代表大会。
不久，列宁去世的消息传到广东，国民党发出了一份电报。不久，收到了契切林的热情谢电，不过，从心理角度上讲，这种气氛并不可能更有利于与莫斯科合作。
广州的商人以特别的厌恶眼光来看待孙的“中央政府”，这不仅是由于孙的权力机构尚未成定局，更重要的是由于孙的政府正在和国内外日益壮大的共产主义者进行联合。商人们于1924年5月威胁说：如果向我们征税，我们就罢市。
几星期后，使人不安的报告送到了孙那里：商人们正在武装一支9000人的私人军队以反抗孙的政府，一艘载有9000支来福枪的挪威船只不久将驶进广州港。这一新的挑战打断了孙的演讲计划，怎么办？他所信任的大部分军官正忙于他事，这使得孙转而起用蒋介石。
接下来发生的这场危机颇有喜剧色彩。蒋毫不妥协地派他的全副武装的军校学生登上挪威船只，将来福枪转运到军校。
商人们继而进行罢市，蒋则通过宣布实行戒严法来进行反击。
此时，北京发生的混乱事件象磁铁一样吸引着孙的注意力，他准备开始发动拖延已久的北伐。但孙缺乏资金，而商人们却有很多钱。
这时，背信弃义的杨（“友好的”云南军队的首领）夸下海口：如果将来福枪还给商人们，他将负责从他们那儿征收100万元（中国银元）的罚金。
这不是那种蒋介石感兴趣的建议，蒋坚决地提出了相反的意见：不要相信这些商人。
这时英国驻广东总领事也插手了这件事，看来，如果激怒商人，英国皇家海军有可能炮击中国军队。
孙怀着不安的心情于9月9日写信给蒋：“广东现在是死亡之地，英国可以用舰队炮火将我们的司令部化为灰烬，‘永丰’号军舰和黄埔军校在炮火下也同样不能幸免，”
在东江，陈炯明发动了新的进攻，云南和广西的军队也是不顺从的和贪婪的。
孙中山在给蒋的信中继续写道：“我们必须抛弃一切去寻求一种新的生存方式。最好的方式就是向北进行征罚性的讨伐。我们必须沿着我们漫长而崎岖的道路去战斗。用战场作为我们的训练学校，这将产生惊人的收获。我党同志决不应犹豫不前。”
战斗——甚至用北伐的形式——这并非蒋的爱好。当孙将其指挥部和部分忠于他的军队调集到惠州