29年5月，耗资100多万的中山陵建成，国民政府决定将孙中山遗体由北平西山碧云寺暂厝地移葬新陵，国民政府特命蔡元培、宋庆龄赴北平接灵。5月22日，国民政府在北平西山碧云寺为孙中山举行了隆重的换棺仪式。孙科请协和医院的医生和护士将孙中山的遗体揩拭干净，加裹白绸，并理发，然后由孙科、郑洪年、马湘为其穿了内外衬衣、白绫内裤、白丝袜、黑缎鞋，外加素蓝纱袍、黑素缎马褂、白丝手套。穿戴整理完毕之后，孙中山遗体被小心翼翼地移入紫铜棺内——这副紫铜棺是从美国订购的，制作考究，外形精美，价值1.5万两白银，于1925年8月运到上海孙中山先生丧事筹备处。宋庆龄看后很满意。1927年4月，上海葬事筹备处迁到南京，紫铜棺也运到南京。1928年12月30日，紫铜棺被运往北京。
易换下来的那副楠木玻璃棺，放入了孙中山的衣服、鞋袜后，被封入北京西山碧云寺石塔内，立法院长胡汉民为之题写了“孙中山先生衣冠冢”石碑。第一副楠木小棺则存放在北京中法中学。今天在碧云寺中山纪念堂，可以看到一口带玻璃盖的漆成黄色的铜棺，这是当年孙中山去世时去苏联定制的水晶棺，但因为保管不善而破裂，而二次派人入苏购买的玻璃盖钢棺不利于遗体保存，所以这副苏联政府赠送的棺材，后来一直放在碧云寺供人瞻仰。
1929年5月26日，灵柩自北京西山起运南下，28日抵南京，30日举行公祭。
1929年6月1日，正式举行奉安大典，蒋介石主祭。孙中山的8名卫士抬紫铜棺入墓穴安葬。此后多年，虽历经战乱，江山易主，但中山陵始终未受破坏。