孙中山厉声斥责他：“这不是你应该说的话，我生平不服暴力，不畏强权，只知道正义与公理，绝不受无理的干涉。”夏利士非常尴尬地退下。在座的一为西方记者日后写道：“我今天才见到孙总统的真面目。他确实是中国真正的爱国者，谁说中国无人才？”
陈炯明的叛军虽然不敢直接炮轰，但是还是想方设法进行攻击。叶举用重金从香港雇佣了两个水雷工程师，7月18日驾小艇前来轰炸，说来巧合，就在水雷即将袭向“永丰”舰的时候，“永丰”舰正在退潮掉头，正好是一个90度的转弯，水雷在几丈远的地方爆炸了。
处于责难声中的陈炯明陆续派人来说和，都被孙中山凛然拒之。但实际上，孙中山内心也一直处于焦虑中，首先是四艘军舰的供给日益困难，使得孙中山不得不亲自管理具体事务，他曾经下达这样的手令：“无论何人，非经大元帅签字，不准支款。”可是军舰的煤炭和粮食供应还是日益紧张，而北伐军队的时好时坏的消息，更让他紧张不安。北伐军方面，6月17日，胡汉民在韶关大本营与广州方面的电信忽然全部中断，火车亦中断，他由此判断广州方面已发生了叛乱。当时韶关仅有200士兵，而北伐军已攻克赣州，胡汉民决定北进赴赣州班师回粤救难。但回师途中，又发生了粤军第一师叛逃事件。7月9日，北伐诸军已从赣南回到广东南雄，遭到叛军的阻击，部分部队不得不回撤。一直到8月初，军队还是不见踪影。虽然有人劝他离开，孙中山却觉得在没有接到前方败退的切实消息时，他不能抛下患难相随的海军官兵自己离开广州。
8月9日，孙中山得到确切消息：陈炯明有袭击“永丰”的计划。孙中山觉得在前方北伐军不利的情况下，自己“株守省河”，有损无益，遂于8月9日乘英国兵舰次日至香港，然后转乘商轮到达上海。
转赴上海的8月14日，正好有暴风雨来袭击，但还是有2000多群众冒着风雨去接他。15日，他在上海发布了粤变始末及统一主张宣言，将陈的罪行向全国说明。陈炯明的叛乱，是孙中山一生中遭遇的最惨痛的失败，他深自痛恨：“文率同志为民国而奋斗垂30年，中间出生入死，失败之数不可屡指，顾失败之惨酷，未有甚于此役者。”
蒋介石通过此次与孙中山的共同战斗，从此成为孙中山最信任的助手之一，事后，孙中山在给蒋介石的书籍《孙大总统广州蒙难记》中写的序言中，对蒋介石的表现予以高度评价。蒋介石后来担任东路讨贼军参谋长，因军事进展缓慢而萌生退志时，孙中山还用白鹅潭共患难的事情来挽留他。