香山结识的牧师喜嘉理介绍，1886年秋，20岁的孙中山进入广州博济医院的附设医科学校，即南华医学堂学医。这所医院创办于1835年，是亚洲最早的西医院，1855年开始招生习医。
“先生年少聪明过人，记忆力极强，无事不言不笑，有事则议论滔滔。九流三教，皆可共语；竹床瓦枕，安然就寝；珍馐藜藿，甘之如饴。”这是那时候的孙中山留给同学的印象，看得出，在很多方面，他已显出卓然超群的特质。
孙中山的宿舍里放了一套自己买的《二十四史》全集，有同学嘲笑他，这套书只是供摆设而已，孙中山起初也并未申辩什么。直到有一天，同学何允文随意拿出一本书问其某一内容，孙中山对答如流，连试数册，均如此，同学们大为叹服。
当时，学校的妇科只许外国男学生临床实习，而中国男学生被拒绝在外。孙中山径直找到校长嘉约翰建言：“学生毕业后行医救人，遇有产科病症也要诊治。为了使学生获得医学技术，将来能对病者负责，应当改变这种不合理的规定。”
这项建议很快被校方采纳。原来学校是男女合班上课，但男女生分开坐，中间挂着幔帐相隔，也是在孙中山的建议下，学校撤除了这道幔帐。