全国人民对和平建国抱着很大的希望。但是，蒋介石只是把和谈看作争取时间以调集兵力的暂时手段，所以，《双十协定》签订后，内战的烽火不但没有停息，反而越燃越大。
毛泽东在力争实现和平的同时，早就看到内战的威胁仍然严重地存在着。他在八月十三日向延安干部会议所作的讲演中就清醒地指出：“按照蒋介石的方针，是要打内战的。按照我们的方针，人民的方针，是不要打内战的。不要打内战的只是中国共产党和中国人民，可惜不包括蒋介石和国民党。一个不要打，一个要打。如果两方面都不要打，就打不起来。现在不要打的只是一个方面，并且这一方面的力量又还不足以制止那一方面，所以内战危险就十分严重。”
重庆谈判期间，蒋介石就在九月十七日以命令形式向内部重新颁发他在十年内战时期手订的《剿匪手本》，指令各部队要在“剿灭共匪”的作战中“切实遵行”。阎锡山部集中了十三个师的兵力，在日伪军配合下，侵入晋东南的上党地区，在刘伯承、邓小平指挥的晋冀鲁豫部队的自卫反击下，被歼三万五千余人。
十月十三日，《双十协定》签订后的第三天和公布后的第一天，蒋介石又向各战区司令长官发出了一份杀气腾腾的密令：
“此次剿共为人民幸福之所系，务本以往抗战之精神，遵照中正所订《剿匪手本》，督励所属，努力进剿，迅速完成任务。其功于国家者必得膺赐，其迟滞贻误者当必执法以罪。希转饬所属剿共部队官兵一体悉遵为要！”①
紧接着，在十一月九日和十一日，国民党政府军事委员会分别召开军事会议和复员整军会议。各地重要将领到重庆参加这两个会议。会议经过几天的讨论研究，决定了进攻解放区的作战计划。
会议决定要在六个月内击溃八路军和新四军主力，然后分区进行清剿，以期“根绝匪患”。这个计划分三步行动：第一步控制苏北、皖北和山东，打通津浦路、平汉路；第二步集中重兵于平、津，“扫荡”华北；第三步打通平绥路，占领察、绥。
共产党领导的军队在作战行动上的重要特点，是流动性大，运动战、游击战交替使用，并依靠群众的支持。这使蒋介石和国民党将领们十分头痛。因此，他们这次会议决定把八路军、新四军和华南抗日武装活动的地区划分为“第一收复区”和“第二收复区”。前者主要指中共军队根据双十协定正在撤离的广东以及浙江、苏南、皖南、皖中、湘粤边地区。会议决定要对这些地区加紧进行“围剿”和“清剿”，以期彻底肃清“匪患”。后者主要指长江以北，包括华北、西北等广大地区。会议决定在这些地区依据铁道干线的走向划分为六个“剿匪区”，各设一个指挥机构（就是后来建立的郑州、徐州、西安、太原四个绥靖公署和北平、西北两个行营）。
在这两次会上，蒋介石作了多次长篇讲话。对于“第一收复区”，他声称：“现在第一收复区里面土匪的主力，虽已渡江北窜，但一定还有不少的余孽，潜伏地方，我们高级将领必须除恶务尽，不使遗留一个种子。否则，如果我们疏忽大意，大部分的军队都已北上，而已经收复的地区又让土匪蔓延，则一旦土匪的主力南窜，里应外合，所有的收复区又将变为匪区了。”对于“第二收复区”，他认为基本方针、进攻步骤虽已确定了，但具体的兵力分配，“还要针对土匪的行动计划，作最后的决定。”②
这时，国内局势确实相当复杂：一方面，国共双方正在进行谈判，还签订了协议；另一方面，蒋介石又在杀气腾腾地部署和进行更大规模的内战。对于这样充满矛盾的现象应该怎样认识呢？
毛泽东的看法是：第一，蒋介石要消灭我们，这个主意老早定了。最好是很快消灭；纵然不能做到这一点，也要使形势对我们更不利，对他更有利些。这是目前发生大规模军事冲突的根本原因。第二，由于他受到各种因素的制约，特别是中国共产党力量的存在和他要发动全面内战的准备还不足，因此目前的大规模军事斗争可能被限制在一定的范围和一定的时间内，还不是全面的内战，“不能把目前这种大规模的军事斗争，误认为内战阶段已经到来”。第三，“和平、民主、统一，这是我党既定方针，也是国民党被迫不得不走的道路”。和平是能够实现的，只要我党有明确的方针与坚决的努力。
为了应付这种复杂的局势，从重庆返回延安的毛泽东，不顾旅途疲劳，立刻连续召开会议，统一领导层的认识，并在十月二十日为中共中央起草了《关于过渡时期的形势和任务的指示》。这个指示的着重点仍在击败国民党军队的进攻，以便有利地转到和平发展的新阶段。它指出：
“目前开始的六个月左右期间，是为抗日阶段转变至和平建设阶段的过渡期间。今后六个月的斗争，是我们在将来整个和平阶段中的政治地位的决定关键。”在这一期间内，中国共产党在国民党统治区域内的任务，“是扩大民族民主的统一战线工作，与广大友好的及可能争取的中外人士合作，组织广大群众，发动要求民主、惩办汉奸、挽救经济恐慌、救济失