列斯’的外衣和威逼利诱所蒙蔽，所迷惑。”他在结束发言时说：“我们的目的是揭发路线错误，又要保护同志，不要离开这个方向。”(30)
许多中央领导人在会上也回顾了党内斗争的历史，总结历史经验，并作了认真的自我批评。但王明始终没有到会，会后，李富春代表中共中央向他传达会议精神，并希望他认真考虑，作出检查。十二月一日，王明的妻子孟庆树代笔为王明写了致毛泽东和中共中央的信，表示一九四一年九月底十月初时同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的，“现在我再一次地向中央声明，我完全放弃我自己的那些意见”，“我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点”。(31)这些，其实都是假话。
十二月下旬，毛泽东为中共中央书记处起草了向一些中央局和中央分局发出的关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示，要求他们很慎重地组织这一研究，每一中央分局在所属地区组织一百到二百人左右的高级干部学习和研究两条路线的有关文件。毛泽东强调：“此种研究的性质是整风的深入与高级阶段，其目的是使干部提高认识与增进统一团结，并为将来讨论七大决议作思想准备。”
经过九月以来的紧张学习和对错误路线的深入批判，高级干部中对党的历史上的路线是非已能看清。但是，又出现一些新的偏向。有些过去受过错误打击的干部对那些犯了“左”倾错误的干部也进行过火斗争，使有些人在毫无思想准备的情况下被揪上台去交待问题，有的甚至被轰出会场，一度造成十分紧张的气氛。对党史中的一些重要问题还存在严重争议，主要是：王明、博古等属于党内问题还是党外问题？临时中央和五中全会是合法的还是非法的？怎样处理思想要弄清和结论要宽大的关系？对六大如何估价？党内的宗派是否还存在？对这些问题，毛泽东非常重视。历史经验告诉他，如果这些问题处理不好，还会重复过去犯过的错误，党内也不可能实现真正的团结与统一。
一九四四年二月二十四日，中央书记处会议就上述有争议的问题进行讨论。取得了一致意见。三月五日，毛泽东在政治局会议上谈了书记处会议讨论后的意见，明确地指出：一、党内党外问题。在去年党的路线学习中，有部分同志怀疑王明、博古同志是党外问题，现在确定是党内错误问题。二、合法与非法问题。过去有的同志认为临时中央和五中全会是非法的。现在查到临时中央有共产国际来电批准过，五中全会也经过国际批准，所以是合法的，但选举手续不完备。四中全会是合法的，但政治路线的内容是不好的。三、思想弄清与结论宽大问题。自整风以来，我们的方针就是“治病救人”。我们要强调产生错误的社会原因，不要强调个人责任。因此，组织结论可作宽大些。现在要宣传解释这个方针，使同志们了解实行这个方针的必要。思想要弄清，结论要宽大，对党才有利。对抗战时期的问题也许不在七大上作结论，七大只做四中全会至遵义会议这一段历史的结论。四、不要反对一切。对四中全会至遵义会议这一段历史，也不要否定一切。当时我和博古一起工作，有共同点，都要打蒋介石，分歧点就是如何打蒋介石，就是策略上的分歧。如果把过去一切都否定，就是一种偏向。五、对六大的估计。六大基本上是正确的。六、党内宗派问题。经过遵义会议和六中全会，党内没有宗派了，现在比较严重的问题是山头主义。(32)
毛泽东这些意见得到政治局会议的赞同和批准。四月十二日和五月二日，毛泽东先后在中共中央西北局高干会和中央党校作学习和时局问题的报告，进一步阐述了经政治局通过的这些意见。他在四月十二日的报告中说：
“这次处理历史问题，不应着重于一些个别同志的责任方面，而应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会根源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后、治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这样两个目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”
“对于任何问题应取分析态度，不要否定一切。”“我们许多同志缺乏分析的头脑，对于复杂事物，不愿作反复深入的分析研究，而爱作绝对肯定或绝对否定的简单结论。我们报纸上分析文章的缺乏，党内分析习惯的还没有完全养成，都表示这个毛病的存在。今后应该改善这种状况。”
毛泽东的这个讲话，对全党的团结和巩固起了重要作用。当年参加会议的邓力群回忆：“一批人解脱了，许多人心服了，大家心里的石头都落了地。”(33)
在这个时期中，重庆《新华日报》全文发表了郭沫若的史学论文《甲申三百年祭》。这篇文章总结了明朝李自成所领导的农民起义从胜利走向失败的历史教训。毛泽东非常赞赏这篇文章，认为它的内容对已经取得很大胜利的中国共产党有着特殊的意义。他指示《解放日报》全文转载，并把它当作整风学习的重要文件