前夕，中共中央收到红四方面军领导人来电请速决“今后两军行动大计”。朱德、毛泽东、周恩来、张闻天在六月十六日致电四方面军领导人张国焘、徐向前、陈昌浩，明确地指出：“今后我一、四两方面军总的方针应是占领川、陕、甘三省，建立三省苏维埃政权，并于适当时期以一部组织远征军占领新疆。”但张国焘、陈昌浩复电中共中央，不同意这个战略，提出红军北攻阿坝，组织远征军，占领青海、新疆，或暂时向南进攻。
到达懋功县城的当天，毛泽东、张闻天、周恩来、朱德就战略进攻方向问题再电张国焘、陈昌浩、徐向前，提出：“目前形势须集大力首先突破平武，以为向北转移枢纽。”“望即下决心为要”。张国焘于二十日又致电中共中央，提出向西发展，并说“目前给养困难，除此似无良策”。中央复电张国焘，指出：“从整个战略形势着想，如从胡宗南或田颂尧防线突破任何一点，均较西移作战为有利。请你再过细考虑！”这样重大的问题，在往来电报中自然是难以解决的，因此，中共中央在电报中请张国焘“立即赶来懋功，以便商决一切”。
二十五日，毛泽东和中央其他领导人到懋功县城以北的两河口，欢迎从茂县前来的四方面军主要领导人张国焘，并举行两大主力红军会师大会。朱德致欢迎词，说明两大主力红军会师的重大意义和北上的方针。张国焘在讲话中却公然提出同中央相悖的西进方针。(33)毛泽东和张国焘都是中共一大的代表，已经多年不见了，但一见面谈话却并不投机。
第二天，在两河口举行中共中央政治局扩大会议。周恩来在会上作了目前战略方针的报告，从地域是否便于机动、群众条件和经济条件三个方面，阐明红军应该去“川陕甘”，“我们如陷在懋、松、理，就没有前途”。提出以运动战迅速北上攻打驻松潘的胡宗南部，创造川陕甘根据地。张国焘在发言中勉强表示同意中央的北进方针，又同时提出也可“向南”，“向成都打”的问题。毛泽东发言同意周恩来的报告，提出：一、中国红军要用全力到新的地区发展根据地，在川陕甘建立新根据地，这是向前的方针，要对四方面军同志作解释，因为他们是要打成都的，而一、四方面军会合后有可能实现向北发展。二、战争性质不是决战防御，不是跑，而是进攻，因为根据地是依靠进攻发展起来的，我们应当过山战胜胡宗南，占取甘南，迅速向北发展。三、我须高度机动，这就有个走路的问题，要选好向北发展的路线，先机夺人。四、集中兵力于主攻方面，如攻松潘，胡宗南如与我打野战，我有二十个团以上，是够的。今天决定，明天即须行动。五、责成常委、军委解决统一指挥问题。(34)
会议经过三天讨论，通过北进建立“川陕甘”根据地的战略方针。二十八日，政治局根据会议精神作出《关于一、四方面军会合后的战略方针》的决定。指出：“我们的战略方针是集中主力向北进攻，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地。”“为了实现这一战略方针，在战役上必须首先集中主力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利地向甘南前进。”(35)
六月二十九日，毛泽东又出席中共中央政治局常委会议。会议除决定张国焘为中革军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员外，主要听取博古关于华北事变的情况报告。毛泽东发言时指出：日本帝国主义想把蒋介石完全控制在自己手下。“党对时局应有表示，发表文件，在部队中宣传，反对日本”，这是“最能动员群众”的。(36)会议决定，以中共中央名义发表宣言或通电。
张国焘回去后，自恃他所领导的军队人数多，又策动一些人给中央写信伸手要权。他还以“统一指挥”、“组织问题”没有解决为借口，故意拖延执行中革军委在两河口会议后制定的《松潘战役计划》。
中央红军为了执行《松潘战役计划》继续北进，在七月初翻过第二座大雪山，抵达卓克基，十日到达芦花（今黑水县）。朱德、毛泽东、周恩来致电张国焘，催促他立刻率部北上，并要张国焘、徐向前、陈昌浩迅速到芦花集中指挥。
张国焘到芦花后，中共中央在十八日举行政治局常委会议，讨论组织问题。张国焘提出要提拔新干部，主张增补一批人“可到军委”。毛泽东说：提拔干部是需要的，但不需要这么多人集中到军委，下面需要人。会议为了团结张国焘共同北上，同意将原由周恩来担任的红军总政委改由张国焘担任，周恩来调中央常委工作。中革军委当天发出通知：“仍以中革军委主席朱德同志兼总司令，并任张国焘同志任总政治委员。”二十一日，组织前敌总指挥部，以徐向前兼总指挥、陈昌浩兼政治委员，叶剑英兼参谋长。
张国焘一朝权在手，便以集中统一指挥为名收缴各军团的密电本。彭德怀回忆说：
“我完成任务后，回到芦花军团部时，军委参谋部将各军团互通情报的密电本收缴了，连一、三军团和军委、毛主席通报密电本也收缴了。从此以后，只能与前敌指挥部通报了。与中央隔绝了