长久地留在南方，是不适宜的，而且云贵山多峻岭，沟谷纵横，专事骑射的蒙古和宁古塔兵无法发挥其长技。所以，在对云贵的战斗中，他们的作用就显得不足了。这次进征云贵，圣祖主要征调了很有战斗力的绿旗兵即汉人的部队，其次是汉军旗的汉兵也较之满洲八旗兵能战斗。这一点，已在同三桂、王辅臣及耿精忠等叛军的一系列战斗中得到了充分的证明。圣祖考虑到云贵山地多的地理特点，特指示行军作战皆由“绿营步兵居前，满骑继后”。他启用汉官蔡毓荣征云贵，由他“节制汉兵先进”。《圣武记》，卷2，70页。这就是圣祖说的，汉人的叛乱，由汉人平息。
吴世璠在云贵的兵力，史书没有记载，从各种情况分析，估计地的总兵力约十万人左右。云南是吴氏政权的根本。其兵力要多于贵州。由于历年征战，加之最后的大溃败，逃走、伤亡的，还有被招抚招降的，为数不少，使他的兵员损失相当严重。从湖南撤回去的兵员寥寥，而一直驻守云南的军队，不断被增调到前线，不足之数，由当地壮丁补充。还在康熙十四年时，留守云南的郭壮图以兵员紧张，不得不“括庄民为兵”《庭闻录》，卷5，7页……到全线溃退时，守云南的兵力进一步减少。圣祖以四十余万之众对吴世璠之寡兵，真是以石击卵，岂能不破世璠的最后顽抗！
经过充分准备，并制定了取云贵的基本战略后，康熙十九年九月二日，圣祖下达指令，“各路大军，如期进剿”。湖南一路的统帅大将军章泰提出报告，他所属部队已完成在沅州的集结，决定由蔡毓荣等统帅绿旗兵，分兵三路，将于九月十二日从沅州发兵；他本人将率满汉兵于十八日随后启行，共取贵州。《平定三逆方略》，卷52，1页。圣祖批准了他的进兵计划，同时通知广西、四川各将军、总督等出征将官，“俱令如期速行剿贼”。