初步完成了对各战略要地的兵力部署：
镇南将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布等率师由武昌水陆进取岳州、长沙，直入广西；
都统宜里布等率师驻彝陵，都统范达礼、副都统德叶立等率师驻镇郧襄；安西将军赫叶、副将军胡礼布、西安将军瓦尔喀等率师由汉中进取四川；
副都统扩尔坤、吴国祯等率师驻防汉中；
镇西将军席卜臣等率师驻防西安，复遣尚书莫洛经略陕西等处（不久，即被叛兵击死），率大军居中调度；
镇东将军喇哈达等率师于山东、河南、江南要地驻防；
安南将军华善等率满汉官兵，同镇海将军王之鼎等于京口水陆驻防；
扬威将军阿密达等率师同江宁将军额楚等防守江宁、安庆沿江险要；
平南将军赖塔率师由浙江平定福建，浙江将军图喇率师驻杭州，兼防海疆；
定南将军希尔根、副将军哈尔哈齐等率师由江西建昌、广信进兵福建；
平寇将军根特巴图鲁、席布等率师赴广东，会同尚可喜进剿叛军。《清圣祖实录》，卷47，16~17页。
圣祖分遣各方面军，任命各方面军的统帅——将军，迅速进入各自的战区，诸如武昌、荆州、彝陵、郧阳、襄阳、汉中、西安、京口、江宁、安庆、山东与河南等要地，以及江西建昌等地，都被圣祖划入战略地区。这些战略据点，凭借长江天险，以荆州为中心，重点布列在长江中游与下游地区，与长江南、山东、河南个别地区互有延伸交错，形成了一道颇为严密的军事攻守防线。
战争开始时，圣祖以为速胜，估计剿灭吴三桂“指日授首”《清圣祖实录》，卷48，2页。，只动用了满洲八旗和汉军绿旗兵。康熙十三年底，蒙古各部王公进京朝觐，主动要求提供马匹和军队助战，圣祖婉言谢绝。《清圣祖实录》，卷44，21页。但随着战争的扩大，圣祖已感兵力不敷，到康熙十四年六月，不得不征调蒙古各旗部队。先调察哈尔护军骁骑一半兵力，从蒙古四十九旗中先调距离北京稍近的科尔沁十旗、敖汉一旗、奈曼一旗、克西克腾一旗、归化城十旗，共出兵万人。其中抽出六千人和旗下兵的一半，约万余人，由固山贝子准达率往荆州；剩下四千名蒙古兵和旗下兵的一半，约万余人，由多罗贝勒尚善等率往岳州。圣祖限定，蒙古兵于八月一日以前至京。同时，圣祖命科尔沁部辅国公图纳黑、杜尔伯特台吉温布赴荆州听用，巴林部贝子温春、台吉格勒尔图赴岳州。《清圣祖实录》，卷48，7页。
清朝一向讳言用兵实数，多用旗下兵一半，各旗出护军若干各来表示用兵数，给我们统计兵力带来很大困难。估计战争的初期阶段，各路将军所率部队，加上动员蒙古兵，约近二十万。三桂的兵力多集中在湖南一线，约二十万左右，加上出征四川、两广、江西及留守云贵，占地兵力，约在三十万以上。
圣祖和他的将军们开始时对战争估计不足，以为可以在短期内取得全胜，恢复云贵疆土。到了康熙十三年三月间，宁南靖寇大将军勒尔锦、前锋统领硕岱等都还认为“进取云贵之期，不过八月”。就是说，到八月时，清军反攻，恢复云贵。这时，圣祖已认识到了事情并非如此简单，他告诫说：“朕思云贵，尚未可轻进，必俟四川全定，方图进取。”四川已被三桂掌握，如清军只顾进军云贵，四川叛军必挠其后路，而不得前进。再说进云贵，一路必经四川，此路不通，进军也难。就拿湖南情况来说，叛军未到，长沙、澧州、常德等处已叛投三桂，如等到八月，其他地方再发生叛变怎么办？圣祖问道：“你们分兵征讨吗？分兵则势单，以次剿取，马匹疲劳，不堪驰使，岂能胜利？如今之计，只有先取常德、长沙，以寒贼胆，方为制胜之策。”《清圣祖实录》，卷46，17~18页。
战争第一阶段的战况表明，一方面，三桂军事力量正处鼎盛，战果继续扩大，一方面，圣祖正调兵遣将，部署防线，未及展开全面攻击。因此，便出现了吴军进攻，清军防御的局面，双方都不可能速胜。在清军抵住了吴军的强大进攻之后，就不可避免地形成了对峙的新局势。