四年时间，清朝以很大的代价平定了山、陕，这才考虑并迅速做出决定再派大军进川，恢复它的统治。驻扎南郑的三桂与李国翰部，兵力既强，足以对付那里的抗清的武装力量；还有，从汉中入川最近。凡“大兵之剿逆下川，必取道于汉中”《明清史料》丙编第6本，568页……由三桂与李国翰部入川最为便利。
吴三桂进川前，四川半是南明永历政权的天下。永历是继弘光、隆武等政权之后又一个南明政权。永历帝即朱由榔，是明神宗的孙子、桂王朱常瀛的第四子。他的封国在衡州，于崇祯十六年被张献忠攻破，他的长兄与二兄被处死，其父携宫眷逃到广西，最后在梧州定居。由榔与家人失散，历经波折，也到了梧州。不久，他的父亲与三兄也相继去世，他成了桂王的惟一继承人。至南明第二个政权隆武灭亡，一些重要大臣如瞿式耜、吕大器、丁魁楚、李永茂等相聚于广东肇庆，紧急磋商拥立新君，都以由榔为神宗嫡孙，入选最为合适。顺治三年（1646年）十月，他们去梧州迎接由榔即位。他的嫡母王太妃极力劝阻，说：“此大事，恐不胜任，愿先生更择可者。”群臣坚请，硬是把由榔接到肇庆，并在这里即帝位。见［明］鲁可藻：《岭表纪年》，卷1，5页；［明］瞿共美：《天南逸史》，264页。［明］钱澄之：《所知录》，卷2，180页。浙江古籍出版社，1985年版。朱由榔时年24岁，该年，仍称隆武二年，表示与隆武政权的统续关系，以明年为永历元年。王夫之：《永历实录·大行皇帝纪》，卷1，2~3页。上海古籍出版社，1987年版。参见《小腆纪传·永历上》，卷4，42页。在肃亲王豪格击杀张献忠后，自四川撤还京师，而张献忠部孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等率部退入贵州、云南。于是，永历政权便乘清军主力撤退，利用川中原明势力，始向四川发展，来重建它的统治。永历实行大封赏，慷慨地赠送各种爵位名号，分派四川各地据守：
原明兵部右侍郎，总督川、陕军务的樊一蘅入永历政权，晋为太子太傅、户兵二部尚书，驻四川，主持“全蜀收复计”；《小腆纪传·樊一蘅传》，卷34，345页。
提升原四川巡按钱邦芑为右佥都御史，巡按四川；《小腆纪传·永历上》，卷4，49页。
原川镇中军杨展以抗击张献忠、收复四川州县功，封为“华阳伯”，驻嘉定；《南疆逸史·杨展传》，卷51，399~400页。
四川綦江（今仍名）人王祥以守遵义功，封为“平寇伯”，驻遵义；《南疆逸史·王祥传》，卷51，397~398页。参见《小腆纪传·永历上》，卷4，49页；“补遗”卷2，775页，“王祥传”记为“綦江伯”。
原四川巡抚陈士奇营将赵荣贵，从保宁（阆中）来归，封“定随侯”，屯龙安（平武）；
以监军佥事詹天颜巡抚顺庆（四川南充）、潼川（四川三台）、棉州（今仍名）等地区；以总兵皮勋守平溪。《小腆纪传·永历上》，卷4，49页，该书“补遗”卷2，有“皮熊传”，疑“勋”与“熊”近音。
其他川中诸将，有副将袁韬守重庆，赐封“定川侯”的李占春守涪江，“靖南侯”于大海屯云阳（今仍名），曹勋据雅州，朱化龙屯茂州（茂汶羌族自治县），侯天锡屯永宁（叙永西侧），马应试屯卢卫等处，谭氏三兄弟谭诣屯巫山，谭宏、谭文据万县、夔州（奉节）。《鹿樵纪闻·川中诸将》，卷中，166页。参见《小腆纪传·樊一蘅传》，卷34；“补遗”卷2，“李占春传”，“李大海传”。这些明朝旧将吏“各守其地，残民少安”。顾山贞：《客滇述》，101页。