南略》，卷1，26~27页，“史可法请设四镇”；《小腆纪传》，卷1，3页，“弘光上”。这四镇大都与农民军所占地区接壤，设置的目的，就是以四镇阻挡农民军南下，并以此作中兴计。史可法说得很清楚：“国家设四藩于江北，非为江左偏安计也，将欲立定根基，养成气力，北则为恢复神京之计，西则为澄清关、陕之图，一举而遂归全盛耳。”《明季南略》，卷2，77页。
马士英果然以拥戴之功格外受重用。朱由崧下达旨意：“马士英保障东南，肤功更著，着加太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。”《明季南略》，卷1，27页。本来，他应出外督师，诸臣也希望他去，把史可法留在南京，主持大计。但马士英根本就不想离开南京，企图把持朝政，就对史可法虚情假意地说：“您的威名素著，军士们都钦佩您。您能经营于外，而我居中，各帅听令，一切事都好办。”史可法明白他的意思，也想避开他，就说：“居者守，行者御，莫能偏废，敢辞难乎！”向朱由崧请求到扬州督师。南京城士民听说史可法要出镇扬州，舆论哗然：“为何夺我史公？”太学士陈方策等人上疏：“淮扬，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人，这能行吗？”朱由崧正倚重马士英，不愿他出镇督师，拒绝了舆请，下达旨意：“辅臣可法，身系安危，朝廷鉴知已悉。”《爝火录》，卷3，162~164页。批准史可法去扬州督师，特加太子太保衔，令百官至郊外饯行。