备好往南京去“清君侧”，不愿意留在武昌同李自成作战。黄澍更力劝左良玉前去南京，举行“废立”大事，然后号召天下，回师“剿灭流贼”，凭长江天险，抗拒清兵。左良玉虽然有了七八分决定，可是还不免有些忧虑，因为自古不论是“兵谏”或进行“废立”大事，倘若名不正，便成了千秋罪人，且有灭族之祸。从目前来说，必须有一些有声望的大臣来赞同他这一举动。如今跟他同住一城的最有声望的大臣是湖广总督何腾蛟。这事情他没有跟何腾蛟商量过。倘若何腾蛟能够赞同他的主张，一起到南京去，他将更是师出有名，更能号召天下。单单是武将行动，许多人心中不服。所以他还在犹豫不决，一面对将领们表示同意往南京去“清君侧”，一面又打算派出一支人马去夺回簰洲镇，将咸宁和岳阳之间的这一支大顺军包围歼灭。他把这个想法告诉了左梦庚和澍渤。左梦庚和黄澍都大不以为然，说是那样必将分散兵力，而且会使南京有备，不如立刻动身，救太子义无反顾。至于何腾蛟嘛，十分好办。他是文臣，手中无兵。如果同他商议，他必然反对；不如将他劫持上船，迫使他同往南京。左良玉仍然犹豫，摇摇头，挥手让他们退出，说道：
“你们让我再想一想，这样大事可要三思而行啊！”
黄澍同左梦庚都明白左良玉可能会不久人世，必须趁宁南侯活着时候到南京进行“废立”，才能够稳掌朝纲。他们又一次商议之后，伪造了一封“皇太子”在南京狱中写给左良玉的“密谕”。这是一张小小的纸条，上面写道：
皇太子手谕：宁南侯速来救我，迟则无及。
他们把这个伪造的“皇太子手谕”送到左良玉面前，说是皇太子在狱中收买了南京锦衣卫的人，秘密地送来武昌。左良玉毕竟是个武将，信以为真。原来他知道“皇太子”在南京狱中受到非刑拷打，死去活来，心中就很难过。如今看了密谕，不觉大偷，哭着说：
“不救皇太子，誓不为人！”
于是在三月二十一日，召集各营大将，齐集节堂。他抱病慷慨誓师，发布了讨伐马士英和阮大铖的檄文，下了全师东去南京的命令。
湖广总督何腾蛟，已经听说左良玉决定率全师东下，也看见了左良玉讨马、阮的撤文，要以“清君侧”之名，占领南京。他对此事极为反对，可叹自己手中没兵，没有力量阻止。他正在总督府中与亲信幕僚们商议如何应付，忽然间左良玉派官员前来请他去商议大事。他本来想去见左良玉，力阻左军前往南京，可是他的左右幕僚苦苦相劝，说是总督大人此去，必受左良玉胁迫，以后千秋功罪都说不清了。这么一提醒，他想着确是不能去，要死就死在总督府中。于是他回绝了左良玉的约请。
这已是三月二十二日下午了。左良玉的人马开始在武昌城中大肆抢劫，奸淫，抓人，杀人，掳掠妇女上船，兵马也一队一队地陆续上船。驻在汉阳、汉口、江北各地的人马也都上了船。所掠的大船小船，将近一万只，几十里的江面上，到处是船，一队一队，旗帜不同。左良玉和他的亲将、幕僚们单独有几十条船，而左良玉的船最大，上悬帅旗。何腾蛟听手下人禀报这些情况以后，在总督府中顿脚叹息，连声呼叫：
“天哪！天哪！国家事到此地步，不亡何待？没想到既有流贼，又有胡人，内外交迫，而宁南侯竟受左右小人愚弄，有此荒谬之举。天下事无法收拾矣！”
何腾蛟自知没有办法阻止左良玉东下，他现在唯一的希望就是武昌城内的官绅百姓少受左兵之祸，所以就以总督的名义出了许多告示，命人张贴在城内的大街、重要路口、衙署的照壁和城门口，严禁乱兵烧、杀、淫、掠。然而尽管他是堂堂总督，告示却等于一张废纸，起不了一点作用。很多官绅士民，希望能够得到总督的庇护，扶老携幼，逃进总督衙门避难，将几个大院落和几百间房屋挤得满满的，到处堆满了包袱和手提箱子。何腾蛟等人们都逃进来以后，命手下人关闭了总督衙门的前后门，不许左兵进人。他自己衣冠整齐，坐在大堂上。他认为自己毕竟是封疆大臣，倘有乱兵进来，他可以以总督的身份禁止他们随便在总督衙门中杀人、放火、抢劫。
这时候情况愈来愈紧急。附近的街巷中到处都在抢劫，都在放火。乱兵们纷纷向总督衙门院中射箭。有一支箭“嘣”的一声落在何腾蚊面前的案上。他的左右大惊，劝他赶快进到别处。何腾蛟气愤已极，将生死置之度外，目光炯炯地瞪大眼睛，猛一顿足，冷冷一笑，说道：
“我身为封疆大吏，连我的总督衙门尚且不能保护，何处可以逃避？今日要死就死在这里，不用躲避！”
乱兵们来敲打前后门，差不多要破门而人。他手下人都来向他禀报，问要不要开门，倘不开门，乱兵破门进来，将同归于尽。他严禁开门，说：
“派人去告诉左良玉，不许他的乱兵冲进总督衙门！”
可是他的手下人无法走出衙门。正在这时，乱兵从后院翻墙而人，自己将前后门打开。有一群乱兵拥到大堂前边进行抢劫。何腾蚊正要呵止，忽然有一将官从大门进来，直奔大堂