轻发落，虽然仍会有几个言官上疏争论，但也可以不了了之。无奈他想到陈新甲在“奉旨回话”的疏中说出和议是奉密旨行事，使他十分痛恨。陈新甲的奏疏他已经“留中”，还可以销毁，可是如果让陈新甲活下去，就会使别人相信陈新甲果是遵照密旨行事，而且陈新甲还会说出来事情的曲折经过。所以当朝议多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，而且要快杀，越快越好。
到了七月中旬，刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，都没有可死之款。崇祯将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫正殿，在地上跪了一片。他厉声问道：
“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审。不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾。三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”
刑部尚书声音战栗地说：“请陛下息怒！臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪。故臣等……”
崇祯怒喝道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失洛阳、襄阳，福王与襄王等亲藩七人被贼杀害，难道不更甚于失陷城寨么？难道不该斩么？”
左都御史战栗说：“虽然……”
崇祯将御案一拍，说：“不许你们再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪！下去！”
首辅周延儒跪下说：“请陛下息怒。按律，敌兵不薄城……”
崇祯截断说：“连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！”
三法司大臣们叩头退出，重新会议。虽然他们知皇上决心要杀陈新甲，但是他们仍希望皇上有回心转意时侯，于是定为“斩监候”，呈报皇上钦批。崇祯提起朱笔，批了“立决”二字。京师臣民闻知此事，又一次舆论哗然，但没有人敢将真正的舆论传进宫中。
七月十六日，天气阴沉。因为田妃病危，一清早就从英华殿传出来为田妃诵经祈攘时敲的木鱼和钟、磐声，传人乾清宫。崇祯心重如铅，照例五更拜天，然后上朝，下朝。这天上午，他接到从全国各地来的许多紧急文书，其中有侯恂从封丘来的一封密奏。他昨夜睡眠很少，实在困倦，颓然靠在龙椅上，命王承恩跪在面前，先将侯恂的密疏读给他听。
新任督师侯恂在疏中先写了十五年来“剿贼”常常挫败的原因，接着分析了河南的目前形势。他认为全河南省十分已失陷七八，河南已不可救，开封也不可救。他说，目前的中原已经不再是天下腹心，而是一片“糜破之区”；救周王固然要紧，但是救皇上的整个社稷尤其要紧。他大胆建议舍弃河南和开封，命保定巡抚杨进和山东巡抚王永吉防守黄河，使“贼”不得过河往北；命凤阳巡抚马士英和淮徐巡抚史可法挡住贼不能往南；命陕西、三边总督孙传庭守住潼关，使“贼”不得往西；他本人驰赴襄阳，率领左良玉固守荆襄，以断“流贼”奔窜之路。中原赤地千里，人烟断绝，莫说“贼”声称有百万之众，就拿有五十万人和十万骡马说，将没法活下去。曹操一支看出李自成有兼并之心，暗中猜疑，有了二心，袁时中的人马，已经离开李自成，变为敌人。我方当利用机会从中离间，“贼”必内里生变，不攻自溃。为今之计，只能如此。……
崇祯听到这里，不由得骂道：“屁话！全是屁话！下边还说些什么？”
王承恩看着奏疏回答：“他请求皇爷准他不驻在封丘，驰赴左良玉军中，就近指挥左良玉。”
崇祯冷笑说：“在封丘他是督师，住在左良玉军中就成了左良玉的一位高等食客，全无作用！”就摆手不让再读下去，问道：“今日斩陈新甲么？”
“是，今日午时出斩。”
“何人监斩？”
“三法司堂官共同监斩。”
“京师臣民对斩陈新甲有何议论？”
王承恩事先受王德化嘱咐，不许使皇上生气，赶快回答说：“听说京师臣民都称颂皇爷是千古英主，可以为万世帝王楷模。”
崇祯挥退王承恩，赶快乘辇去南宫为田妃祈攘。快到中午时候，他已经在佛坛前烧过香，正准备往道坛烧香，抬头望望日影，心里说：“陈新甲到行刑的时候了。”回想着几年来他将陈新甲倚为心腹，密谋“款议”，今后将不会再有第二个陈新甲了，心中不免有点惋惜。但是一转念想到陈新甲泄露了密诏，成为他的“盛德之累”，那一点惋惜的心情顿然消失。
当他正往道坛走去时候，忽然坤宁宫一名年轻太监奉皇后之命急急忙忙地奔来，在他的脚前跪下，喘着气说：
“启奏皇爷，奴婢奉皇后懿旨……”
崇祯的脸色一变，赶快问：“是承乾宫……”
“是，皇爷，恕奴婢死罪，承乾官田娘娘不好了，请皇爷立刻回宫。”
崇祯满心悲痛，几乎忍不住大哭起来。他扶住一个太监的肩膀，使自己不要倒下去，自言自语地喃喃说：