当商丘城破的时候，有很多守城的丁壮和溃兵，从东面和南面缒下城去，企图越过城壕。但李过事先在城外布置了骑兵，好像张着一个大网，没有一个能够逃走。城里进行过短时间的巷战。有一股官军先投降，投降后就把衣服翻过来穿上，也跟着义军大喊：“破城了！破城了！”他们又是杀人，又是抢劫。但是大股官军，大约有一千来人，随着一个姓张的副将，杀到北城。那里有个三宝寺，他们就跑进寺里，拼死抵抗。后来，马世耀、刘体纯两支人马同时冲到，势不可挡。张副将眼看在寺里待不下去，又带着人马冲杀出来，向东门奔去，打算出东门夺路逃走。没想到东门已经被义军用土塞死了，一时打不开。马世耀、刘体纯的人马已经赶到。张副将寡不敌众，且已经受伤，所以很快就被捉住。这支官军一消灭，城里的战斗就停止了。
按照事前决定，李过一进城就占领知府衙门，在府衙中指挥一切。他派人捉拿逃藏的现任官吏和乡宦，将许多现任官吏和乡宦陆续捉到，偏偏那个商丘知县梁以樟矗概念的意义决定于它们所引起的行动的效果。1901年，在，是负责全城防务的人，竟然到处都找不到。直到几天以后，才知道他当时藏在一堆死尸下面，在夜间逃了出去。
大约巳时左右，李自成带着刘宗敏、田见秀、牛金星、宋献策等人骑马进了西门。这时城里秩序还没有完全安宁下来，有些地方还在杀人，有些地方还在抢劫，奸淫的事情也不断发生。李自成拧起双眉张元气论，认为理不离气，气在理先。又以为人非气质无以，向刘宗敏问道：
“为什么进城一个多时辰了，还是这么乱？”
刘宗敏回答：“一则城中军民顽抗，不是投降献城，所以势必要多杀一些人。二则如今队伍这么杂，有我们老府的，也有曹营的，还有小袁营的，一时很乱也难免，不像我们破洛阳时的情形了。”
闯王感到这样乱下去不行，就派人去见李过，让他立即派人拿着令箭在城里巡逻，传谕“封刀”，不管什么人，凡是在传谕“封刀”后继续奸淫妇女或随便杀人的，都要斩首。吩咐以后，他们又继续向前走去，在一个十字路口，闯王看到有好几处房子正在燃烧，赶紧又下一道命令：不许点火烧毁房子，已经点着的要赶紧扑灭。
这时，罗汝才也带着一群人来了，他们会合成一路，一同往府衙门奔去。
在知府衙门的二门里边，已绑着许多人，一望而知，有些是官吏，有些是乡绅。李友很神气地站在院子中心，一个书吏模样的人恭敬地站在他的旁边，向他指认这些被绑起来的人：谁做什么官，谁家里有钱，谁是一方恶霸。凡被指出来的，都拉到一边，听候发落。
闯王和曹操进入院中后，看了一会儿。先看那些被指认出来的人，确实都是有钱人。然后又看那些还没有被指出来的人，忽然发现有一个本地百姓模样的人也被绑着。闯王把那个书吏叫过来，问道：
“这个人有没有罪啊？”
“他是一个小百姓，他没有什么罪。”
闯王对李友说：“赶快把他放了。”
李友又请示：对这些被指认出来的坏东西，是否现在就处置。闯王点点头，说：
“立刻处置吧，以息民愤，不要留下祸根。”
于是，李友一声命令，不管三七二十一，那些被指认出来的官吏、乡宦和富豪，全部被押了出去，推出西城门外斩首。
闯王刚想同李过谈谈安抚城内百姓的事，忽然又有人推着一个花白胡须的乡宦走了进来，一问，原来是曾经做过工部尚书的周士朴。还在没有进攻商丘之前，闯王已经接到不少百姓控告这个周士朴的状子，告他如何酷害百姓。闯王亲自问道：
“周士朴，你有罪，自己知道么？”
周士朴穿着仆人的衣服，看上去很像一个简朴的老头子。他听到问话，赶紧跪下答道：
“将军，我回到家乡以来，一直过着清贫的生活，没有犯过什么罪。”
闯王未及答言，旁边钻出一个仆人打扮的人来，指着周士朴对闯王说：“闯王不要信他的。他家里有十四窖银子，埋的地方，我都知道，我带你们去扒出来。他为富不仁，酷害一方，千万不能饶了他。”
闯王点点头，望着周士朴说：“周士朴，你不要狡赖，你的罪恶我全知道。好，推出去！”
又有几个百姓，走过来对李过说，刚才那个替李友指认别人的书吏，自己也不是一个好东西，坑害过许多好人，现在为要救他自己的狗命，才向义军假献殷勤。李过把那人打量了一眼，说：“我看他就不像个好东西。”便吩咐李友说：“这样吧，你先把他绑起来，锁在府衙门外，看控告他的老百姓多不多。要是真有大罪，仍然斩首；要是罪恶不大，就放了他去。”结果这人绑出去没有多久，便有许多人来控告他，说他专门倚仗官府势力，敲诈百姓，奸人妻女。李友在衙门外站了一会儿，听到这些控告，也没有再向李过禀报，便下令将他斩了。
在院里，李过告诉闯王，他已下令进城的义军，不许再杀