行将二年。愿陛下深自咎责，许延忠直敢言之士，庶几明威降鉴，而善应来集也。”书奏数日，仲淹等皆得近徙。
会诏求直言，清臣复上疏言大臣专政，仁宗嘉纳之。清臣请外，为两浙转运副使。并太湖有民田，豪右据上游，水不得泄，而民不敢诉。尝建请疏盘龙汇、沪渎港入于海，民赖其利。以右正言知制诰，知审官院，判国子监。
时陕西用兵，上言：“当今将不素蓄，兵不素练，财无久积。小有边警，外无骁将，内无重兵。举西北二垂观之，若濩落大瓠，外示雄壮，其中空洞，了无一物。脱不幸戎马猖突，腹内诸城，非可以计术守也。自元昊僭窃，因循至于延州之寇，中间一岁矣。而屯戍无术，资粮不充，穷年畜兵，了不足用，连监牧马，未几已虚。使蚩蚩之甿无所倚而安者，此臣所以孜孜忧大瓠之穿也。今羌戎稍却，变诈亡穷，岂宜乘实时之小安，忘前日之大辱？又将泰然自处，则后日视今，犹今之视前也。”
元昊围延州，既解去，钤辖内侍卢守勤与通判计用章更讼于朝。时内侍用事者，多为守勤游说，朝廷议薄守勤罪，而流用章岭南。清臣上疏曰：“臣闻众议，延州之围，卢守勤首对范雍号泣，谋遣李康伯见元昊，为偷生之计。计用章以为事急，不若退保鄜州，李康伯遂有‘死难，不可出城见贼’之语。自元昊退，守勤惧金明之失、二将之没，朝廷归罪边将；又思仓卒之言，一旦为人所发，则祸在不测。遂反复前议，移过于人，先为奏陈，冀望取信。正如黄德和诬奏刘平，欲免退走之罪。寻闻计用章亦疏斥守勤事状，诏文彦博置劾，未分曲直，而遽罪用章、康伯，牲赦守勤。此必有议者结中人、惑圣听，以为方当用师边陲，不可轻起大狱。臣观前史，魏尚、陈汤虽有功，尚不免削爵，罚作案验吏士。何况拥兵自固，观望不出，恣纵羌贼，破一县，擒二将。大罪未戮，又自蔽其过，矫诬上奏，此而不按，何罪不容？设用章有退保之言，止坐畏懦；而守勤谋见贼之行，乃是归款。二者之责，孰重孰轻，望诏彦博鞫正其狱。苟用章之状果虚，守勤之罪果白，用章更置重科，物论亦允。无容偏听一辞，以亏王道无党之义。”其后狱具，守勤才降湖北兵马都监。
时西师未解，急于经费，中书进拟三司使，清臣初不在选中。帝曰：“叶清臣才可用。”擢为起居舍人、龙图阁学士、权三司使公事。始奏编前后诏敕，使吏不能欺，簿帐之丛冗者，一切删去。内东门、御厨皆内侍领之，凡所呼索，有司不敢问，乃为合同以检其出入。清臣与宋庠、郑戬雅相善，为吕夷简所恶，出知江宁府。逾年，入翰林学士，知通进银台司、勾当三班院。丁父忧，言者以清臣为知兵，请起守边。及服除，宰相陈执中素不悦之，即除翰林侍读学士、知邠州。道由京师，因请对，改澶州，进尚书户部郎中、知青州。徙知永兴军，浚三白渠，溉田逾六千顷。
仁宗御天章阁，召公卿，出手诏问当世急务。清臣闻之，为条对，极论时政阙失，其言多劘切权贵。且曰：“陛下欲息奔竞，此系中书。若宰相裁抑奔竞之流，则风俗惇厚，人知止足；宰相用憸佞之士，则贪荣冒进，激成浑波。向有职在管库，日趋走时相之门。入则取街谈巷言，以资耳目；出则窃庙谟朝论，以惊流辈。一旦皆擢职司，以酬所任。比日人士竞踵此风，出入权要之家，时有‘三尸’、‘五鬼’之号。乃列馆职，或置省曹。且台谏官为天子耳目，今则不然，尽为宰相肘腋。宰相所恶，则捃以微瑕，公行击搏；宰相所善，则从而唱和，为之先容。中书政令不平，赏罚不当，则箝口结舌，未尝敢言。人主纤微过差，或宫闱小事，即极言过当，用为讦直。供职未逾岁时，迁擢已加常等。宋禧为御史，劝陛下宫中畜犬设棘，以为守卫。削弱朝体，取笑四夷，不加诃谴，擢为谏官。王达两为湖南、江西转运使，所至苛虐，诛剥百姓，徒配无辜，特以宰相故旧，不次拔擢，遂有河北之行。如此，是长奔竞也。”其它所列利害甚众。
会河决商胡，北道艰食，复以为翰林学士、权三司使。旧制，有三司使、权使公事，而清臣所除，止言“权使”，自是分三等焉。以户部副使向传式不职，奏请出之。皇佑元年春，帝御便殿，访近臣以备边之策。清臣上对，略曰：
陛下临御天下，二十八年，未尝一日自暇自逸。而西夏、契丹频岁为患者，岂非将相大臣，不得其人，不能为陛下张威德而攘四夷乎？昔王商在廷。单于不敢仰视。郅都临代，匈奴不敢犯边。今内则辅相寡谋，纲纪不振；外则兵不素练，将不素蓄。此外寇得以内侮也。庆历，刘六符来，执政无术略，不能折冲樽俎，以破其谋。六符初亦疑大国之有人，藏奸计而未发。既见表里，遂肆陆梁。只烦一介之使，坐致二十万物，永匮膏血，以奉腥膻。此有识之士，所以为国长太息也。
今诏问：“北使诣阙，以伐西戎为名，即有邀求，何以答之？”臣闻誓书所载，彼此无求。况元昊叛边，累年致讨，契丹坐观金鼓之出，岂有毫发之助？今彼国出师，辄求我助，奸盟违约，不亦甚乎？若使辩捷之人，判其曲直，要之一战，以破其谋，我直彼曲，岂不惮服。苟不