将所部来会。允文还建康，即上疏言：“敌败于采石，将徼幸于瓜洲。今我精兵聚京口，持重待之，可一战而胜。乞少缓六飞之发。”
甲申，至京口。敌屯重兵滁河，造三闸储水，深数尺，塞瓜洲口。时杨存中、成闵、邵宏渊诸军皆聚京口，不下二十万，惟海鳅船不满百，戈船半之。允文谓遇风则使战船，无风则使战舰，数少恐不足用。遂聚材治铁，改修马船为战舰，且借之平江，命张深守滁河口，扼大江之冲，以苗定驻下蜀为援。庚寅，亮至瓜洲，允文与存中临江按试，命战士踏车船中流上下，三周金山，回转如飞，敌持满以待，相顾骇愕。亮笑曰：“纸船耳。”一将跪奏：南军有备，未可轻，愿驻扬州，徐图进取。亮怒，欲斩之，哀谢良久，杖之五十。乙未，亮为其下所杀。
初，亮在瓜洲，闻李宝由海道入胶西，成闵诸军方顺流而下，亮愈怒。还扬州，召诸将约三日济江，否则尽杀之。诸将谋曰：“进有渰杀之祸，退有敲杀之忧，奈何？”有万戴者曰：“杀郎主，与南宋通和归乡则生矣。”众曰：“诺。”亮有紫茸细军，不临阵，恒以自卫，众患之，有萧遮巴者绐之曰：“淮东子女玉帛皆聚海陵。”且嗾使往，细军去而亮死。
丙申，敌人退屯三十里，遣使议和。己亥，奏闻。召入对，上慰藉嘉叹，谓陈俊卿曰：“虞允文公忠出天性，朕之裴度也。”诏免扈从，往两淮措置。允文至镇江，奏收两淮三策，不报。
明年正月，上至建康。寻议回銮，诏以杨存中充江淮、荆襄路宣抚使，允文副之。给、舍缴存中除命，于是允文充川陕宣谕使。陛辞，言：“金亮既诛，新主初立，彼国方乱，天相我恢复也。和则海内气沮，战则海内气伸。”上以为然。允文至蜀，与大将吴璘议经略中原，璘进取凤翔，复巩州。金治兵争陕西新复州郡，蜀士欲弃之，允文持不可。
孝宗受禅，朝臣有言西事者，谓官军进讨，东不可过宝鸡，北不可过德顺，且欲用忠义人守新复州郡，官军退守蜀口。允文争之不得，吴璘遂归河池，盖用参知政事史浩议，欲尽弃陕西，台谏袁季、任古附和其说。允文再上疏，大略言：“恢复莫先于陕西，陕西五路新复州县又系于德顺之存亡，一旦弃之，则窥蜀之路愈多，西和、阶、成，利害至重。”前后凡十五疏，且移书陈康伯，康伯牵于同列，不能回也。上将召允文问陕西事，执政忌其来，以显谟阁直学士知夔州，寻又命奏事。
隆兴元年入对，史浩既素主弃地，及拜相，亟行之，且亲为诏，有曰：“弃鸡肋之无多，免锒心之未已。”允文入对言：“今日有八可战。”上问及弃地，允文以笏画地，陈其利害。上曰：“此史浩误朕。”以敷文阁待制知太平州，寻除兵部尚书、湖北京西宣抚使，改制置使。
时朝廷遣卢仲贤使金议和，汤思退又欲弃唐、邓、海、泗，手诏谓唐、邓非险要，可置度外，允文五上疏力争。思退怒，即奏曰：“此皆以利害不切于己，大言误国，以邀美名。宗社大事，岂同戏剧。”上意遂定。思退阳请召允文，实欲去之也。允文上印，犹以四州不可弃为请，乞致仕。诏以显谟阁学士知平江府。思退竟决和议，割唐、邓。
二年，金兵复至，思退贬，上悔不用允文言。陈俊卿亦荐允文堪大用，除端明殿学士、同签书枢密院事。
乾道元年，拜参知政事兼知枢密院事。是秋，金遣完颜仲有所议，偃蹇不敬，允文请斩之，廷有异论，不果。会钱端礼受李宏玉带，事连允文，为御史章服所论，罢政，奉祠西归。
三年二月，召至阙，除知枢密院事兼参知政事。吴璘卒，议择代，上谕允文曰：“吴璘既卒，汪应辰恐不习军事，无以易卿。凡事不宜效张浚迂阔，军前事，卿一一亲临之。”即拜资政殿大学士、四川宣抚使，寻诏依旧知枢密院事。归蜀一月，召至阙，不数月复使蜀。太上赐御书《圣主得贤臣颂》，上又为之制跋，陛辞，复以所御双履及甲冑赐焉。
过郢，奏筑黄鹰山城。过襄阳，奏修府城。八月至汉中，又往沔阳。九月，至益昌。先被手诏戒九事，洎至蜀，悉奉而行，尤以军政为急。又奏阅实诸军，第其壮怯为三，上备战，中下备辎重，老者少者不预。汰兵凡万人，减缗钱四百万。汰去兵有劳绩者，置员阙处之。兴、洋义士，民兵也，绍兴初以七万计，大散之战，将不授甲，驱之先官军，死亡略尽。命利帅晁公武核实，得二万三千九百余人。又得陕西弓箭手法，参绍兴制为一书，俾将吏守之。以马政付张松，奏依旧制分茶马为川、秦司。
初在枢府，萧遮巴以刷军中人为言，允文尝奏谕三衙抚存之。至是，金、洋、兴元归正人二万，遮道诉系缧之苦，允文分给官田，俾咸振业。欲结敌将姜挺、白沂，遵御札募巩人王嗣祖结外蕃以图金人，又得蕃僧六彪者偕往，竟无成说。时邛、蜀十四郡告饥，荒政凡六十五事，剑倅献羡钱五万，却之。
五年八月，拜右仆射、同中书门下平章事兼枢密使。允文多荐知名士，如洪适、汪应辰。及为相，籍人才为三等，有所见闻即记之，号《材馆录》。凡所举，上皆收用，如胡铨、周必