主管西京御史台。靖康多难，避地至汝州。汝守赵子栎邀与共守，于是旁郡尽陷，汝独全。累官朝议大夫，卒。从弟祖禹。
祖禹字淳甫，一字梦得。其生也，母梦一伟丈夫被金甲入寝室，曰：“吾汉将军邓禹。”既寤，犹见之，遂以为名。幼孤，叔祖镇抚育如己子。祖禹自以既孤，每岁时亲宾庆集，惨怛若无所容，闭门读书，未尝预人事。既至京师，所与交游，皆一时闻人。镇器之曰：“此儿，天下士也。”
进士甲科。从司马光编修《资治通鉴》，在洛十五年，不事进取。书成，光荐为秘书省正字。时王安石当国，尤爱重之。王安国与祖禹友善，尝谕安石意，竟不往谒。富弼致仕居洛，素严毅，杜门罕与人接，待祖禹独厚；疾笃，召授以密疏，大抵论安石误国及新法之害，言极愤切。弼薨，人皆以为不可奏，祖禹卒上之。
神宗崩，祖禹上疏论丧服之制曰：“先王制礼，君服同于父，皆斩衰三年，盖恐为人臣者不以父事其君。自汉以来，不惟人臣无服，人君遂不为三年之丧。国朝自祖宗以来，外廷虽用易月之制，宫中实行三年服。君服如古典，而臣下犹依汉制，故十二日而小祥，期而又小祥，二十四日而大祥，再期而又大祥。既以日为之，又以月为之，此礼之无据者也。古者再期而大祥，中月而禫。禫，祭之名，非服之色。今乃为之惨服三日然后禫，此礼之不经者也。服既除，至葬又服之，祔庙后即吉，才八月而遽纯吉，无所不佩，此又礼之无渐者也。朔望，群臣朝服以造殡宫，是以吉服临丧；人主衰服在上，是以先帝之服为人主之私丧，此二者皆礼之所不安也。”
哲宗立，擢右正言。吕公着执政，祖禹以婿嫌辞，改祠部员外郎，又辞。除著作佐郎、修《神宗实录》检讨，迁著作郎兼侍讲。
神宗既祥，祖禹上疏宣仁后曰：“今即吉方始，服御一新，奢俭之端，皆由此起。凡可以荡心悦目者，不宜有加于旧。皇帝圣性未定，睹俭则俭，睹奢则奢，所以训导成德者，动宜有法。今闻奉宸库取珠，户部用金，其数至多，恐增加无已，愿止于未然。崇俭敦朴，辅养圣性，使目不视靡曼之色，耳不听淫哇之声，非礼勿言，非礼勿动，则学问日益，圣德日隆，此宗社无疆之福。”故事，服除当开乐置宴，祖禹以为因除服而开乐设宴，则似除服而庆贺，非君子不得已而除之之意，不可。
夏暑权罢讲，祖禹言：“陛下今日之学与不学，系他日治乱。如好学，则天下君子欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅佐德业，而致太平；不学，则小人皆动其心，务为邪谄，以窃富贵。且凡人之进学，莫不于少时，今圣质日长，数年之后，恐不得如今日之专，窃为陛下惜也。”迁起居郎，又召试中书舍人，皆不拜。吕公着薨，召拜右谏议大夫。首上疏论人主正心修身之要，乞太皇太后日以天下之勤劳、万民之疾苦、群臣之邪正、政事之得失，开导上心，晓然存之于中，使异日众说不能惑，小人不能进。
蔡确既得罪，祖禹言：“自乾兴以来，不窜逐大臣六十余年，一旦行之，流传四方，无不震耸。确去相已久，朝廷多非其党，间有偏见异论者，若一切以为党确去之，惧刑罚失中，而人情不安也。”
蔡京镇蜀，祖禹言：“京小有才，非端良之士。如使守成都，其还，当使执政，不宜崇长。”时大臣欲于新旧法中有所创立。祖禹以为：“朝廷既察王安石之法为非，但当复祖宗之旧，若出于新旧之间，两用而兼存之，纪纲坏矣。”迁给事中。
吴中大水，诏出米百万斛、缗钱二十万振救。谏官谓诉灾者为妄，乞加验考。祖禹封还其章，云：“国家根本，仰给东南。今一方赤子，呼天赴诉，开口仰哺，以脱朝夕之急。奏灾虽小过实，正当略而不问。若稍施惩谴，恐后无复敢言者矣。”
兼国史院修撰，为礼部侍郎。论择监司守令曰：“祖宗分天下为十八路，置转运使、提点刑狱，收乡长、镇将之权悉归于县，收县之权归于州，州之权归于监司，监司之权归于朝廷。上下相维，轻重相制，建置之道，最为合宜。监司付以一路，守臣付以一州，令宰付以一县，皆与天子分土而治，其可不择乎？祖宗尝有考课之法，专察诸路监司，置簿于中书，以稽其要。今宜委吏部尚书，取当为州者，条别功状以上三省，三省召而察之，苟其人可任，则以次表用之。至官，则令监司考其课绩，终岁之后，可以校优劣而施黜陟焉。如此则得人必多，监司、郡守得人，县令不才，非所患也。”
闻禁中觅乳媪，祖禹以帝年十四，非近女色之时，上疏劝进德爱身，又乞宣仁后保护上躬，言甚切至。既而宣仁谕祖禹，以外议皆虚传，祖禹复上疏曰：“臣言皇帝进德爱身，宜常以为戒。太皇太后保护上躬，亦愿因而勿忘。今外议虽虚，亦足为先事之戒。臣侍经左右，有闻于道路，实怀私忧，是以不敢避妄言之罪。凡事言于未然，则诚为过；及其已然，则又无所及，言之何益？陛下宁受未然之言，勿使臣等有无及之悔。”拜翰林学士，以叔百禄在中书，改侍讲学士。百禄去，复为之。范氏自镇至祖禹，比三世居禁林，士论荣慕。