血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选.左思.吴都赋》中的"百川派别，归海而汇"思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
【忍术的理论由来】
忍者的出身多半来自农民,而不是出身高贵的武士.忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、吉野、鞍马、根来、伊贺的山地战经验。京都则是忍术中使用的法术(阴阳道)发祥地、因为不远处有比高野等佛教密宗的本山。忍术的武芸面来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。
【中国、韩国的移民与忍者】
因为中国政权的更迭，新的朝代建立了，原来皇帝的忠臣无法在中国生存，于是移民到与中国有2000多年交往的日本定居。这些人在日本的社会地位很低，只能从事一些例如制造陶器，盔甲，服装之类的日本人不愿意从事的手工业。这些人被称为部落民，以明朝时人最多。部落，也就是后来日本侵略中国时实行无人区时对关押中国人的“人圈”的日本名称。这些明朝移民通常都定居京都，然后也有些人就搬到附近的伊贺或甲贺去工作。此外，他们还使用一些他们带来的科技，例如火药，所以这里是日本很早就有的火药制造地。其他的工艺人也在此生根，例如制造工艺品的师傅，耍玩偶的师傅……各种艺人都来啦……因此造成伊贺，甲贺地区有许多这样的人，造成日后忍者可以以许多民间卖艺工艺身份的技能去从事谍报工作。
此外，还有一些朝鲜人也和中国人一样受到这种待遇。这里的异民族和归化人(外地人落籍日本，变成日本人，改姓日本姓氏)很多。
例如德川幕府初期，因为服部半藏跟随家康工作，就有许多伊贺、甲贺的人跟着服部搬到江户去住。笄町，就是伊贺、甲贺町的转化。在那里还留有半藏门(服部半藏住过的老房子)的地名。据说服部半藏就是转化人。他的家族本是中国人，姓秦，后来因为定居日本，为了跟当地合从而为一，就改了个日本姓，改姓服部，从此服部一家就从此诞生。
因为当时日本战争极为激烈，迫切需要情报，可是所谓正统的武士是不会去从事这种偷偷摸摸的行为的，日本武士认为，这种吃苦受累没面子的事情应当由那些下等人去干。而且，当时的日本武术只适合两个人互相约定站好了砍对方的脑袋，就是现在大家可以看到的日本剑道练习的方式，那种山中伏击、在各种地形下进行的不拘一格的战斗也不适合他们。重要的是，日本人也没有那种随机应变的才能，所以，这种特别的工作就由当时日本社会最下层的人来干。
【这才是日本忍者的真面目】
由日本人组成的忍者部队也有一支。有个叫木下藤吉郎的家伙。在无路可走时，曾经投靠蜂须贺小六，在他家里吃白饭。蜂须贺小六是在美浓地区活跃的“夜盗”(强盗，好听一点叫做野武士，没有找到雇用他们的主子的军队，难听一点就说是趁着夜色出没抢钱的山大王)。反正干强盗集团的人通常不穷，所以也就可以好客让一些没饭吃的人投靠他，到他家吃饭。后来这些人因为帮助秀吉一夜间筑成了墨股城，所以化为官军，总算洗脱强盗污名，可是由于信长非常讨厌军纪差的烂军队，所以蜂须贺小六从此跟他的强盗集团再也不干杀人越货的事情，可是他们在强盗时期所训练出来的一身偷鸡摸狗好本领却成为当忍者的好条件，于是那些人就转为当成木下藤吉郎军队的忍者。而且在各大战役都有杰出的表现。
这个木下藤吉郎接下来统一日本有功，被日本天皇授予“关白”的官职，即皇帝的辅佐。并且赐姓丰臣，所以他后来在历史上的名字叫做丰臣秀吉。
忍术的武功来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。但是，忍者对这些武功做了很大改进，使它们成为短刀短枪的用法，以便适合在狭窄的场所作战。
【忍者五道】
成功的忍者要善于将自己和外界环境合二为一，动静结合地完成任务。所以他们讲究通过食、香、药、气、