甚至，根据受雇的主君之家所不同，称呼也是五花八门，最流行的说法，则是由此刻正与中朝联军对峙于伊贺的倭人联军总大将、甲斐武田氏家主武田信玄所创，名曰“乱波”。“忍者”这个称谓，一直到了德川家康摘下织田信长挖坑植树、丰臣秀吉浇水施肥而结出的桃子，结束了rì本战国乱世，建立了江户幕府之后，才正式确立下来；但在同时，由于国内长期处于和平时期，忍者失去了活动的舞台，作用也越来越小，渐渐地淡出了人们的视野，许多忍术也因而失传，只是在电影电视、动漫作品之中大放异彩，骗一骗类似于嘉靖帝朱厚熜那样对历史一知半解的幼稚家伙。
其次，忍者并非单一层级，又分为“上忍”、“中忍”、“下忍”三个阶层。“上忍”，又称“智囊忍”，专门筹策整体作战计划；“中忍”，是实际作战时的指挥头子，当然忍术也得超群出众才行；“下忍”，又称“体忍”，相当于现代的特战部队，是在最前线实际作战的忍者。三者之间等级关系泾渭分明，“下忍”对“中忍”唯命是从，“中忍”对“上忍”俯首帖耳。
第三，那部十分有名的电影《伊贺忍法帖》之中，将忍者描述为伊贺、甲贺两大集团，确实不错——尽管rì本忍术流派众多，但追溯根源，却都发源于伊贺、甲贺两地。但是，电影之中将这两大集团渲染为势不两立、不共戴天的宿敌，连番恶斗、不死不休，貌似一对分属两大集团的情侣困惑于家族责任和个人感情，不得不同归于尽，简直类似于一出rì本忍者版的罗密欧与茱丽叶，骗去了不少观众同情的泪水。其实并非如此，伊贺、甲贺两大忍者集团同出一门，双方之间大部分也都有亲戚关系；为了便于忍术能世代传授下去，他们之间也不得不频繁通婚，说他们唇亡齿寒也不为过。只是，彼此的雇主或效忠的主君若是敌对关系的话，他们便不得不同室**戈，甚或同一流派之中，也会兄弟阋墙、骨肉相残。
最至关重要的一点：暗杀并非忍者的单一职能，甚至算不上忍者的主要职能，更多的则是潜入敌方阵营打探消息、搜集情报，即便要暗杀敌人，也多以施放暗器和投毒为主，甚少有正面对阵、贴身肉搏的情况发生；加之许多忍术，如飞身遁地术、追踪术、潜行术等等，都要求忍者身轻如燕，为了隐藏行踪，还不能吃任何能强身健体、却会增强体味的肉类等等，膂力也就十分有限。因此，忍者固然自幼就要接受包括平衡、灵敏、力量、持久和特殊技巧等五个方面的严酷忍术训练，获得了超越常人的毅力、耐力和战斗力，却并不以近战武力见长。当然了，遇到普通人，甚至是一般的兵士，忍者都可以轻松地战胜并**对方。但是，他们实在是太不走运，遇到的是剑法堪称大明百万军中第一人的俞大猷；加之又误以为俞大猷投向自己的制钱是淬毒暗器，一时慌了神，只顾着闪躲，自然就被俞大猷轻松**。
由于忍者生前必须隐姓埋名，过着终生见不得天rì的生活；死后也不能留下只言片语，以免rì后东窗事发，连累主君家族。因此，关于忍者的历史记录寥寥无几，对于一般人来说，忍者世界就显得异常神秘，也就任由那些作家写手、影视导演天马行空地凭空捏造，以致那位冒牌皇帝朱厚熜以讹传讹，误导自己的心腹爱将俞大猷坚信倭奴忍者当真个个武功盖世、身手不凡，竟然怀疑那几个被自己杀掉的忍者是九州诸藩大名之家随军出征的倭人兵士……