大明王朝设有吏兵六部和都察院、通政使司、大理寺等大小九卿十八衙门，还有两京一十三省、乌斯藏宣慰使司、朵思干宣慰使司等各级地方衙门，每日政务不知凡几。而明太祖朱元璋为要加强君主集权，又罢设宰相，大权独揽，这些政务便都要靠皇帝一个人来圣裁决断。史载，洪武十九年九月十四日至二十一日，朱元璋就处理诸司奏章平均日处理件。如此高强度的工作，即便是劳苦大众出身的朱元璋也不堪其苦，更不用说他的那些从小娇生惯养的龙子凤孙们了。因此，先有协助皇帝处理政务的春夏秋冬“四辅官”；既而“虽无相名，实有相职；虽有相职，实无相权；既无相权，却有相责”的内阁便应运而生。起初的皇帝尚且能够屈尊移驾到内阁，与内阁大学士商议政务；后来的皇帝便越来越懒，政务处理意见改由内阁票拟呈进，也很少召见大臣，沟通皇帝与内阁、大臣的重任就由太监们来承担。其后，由于皇帝优游倦政，将内阁票拟的批红大权给了司礼监，形成了内阁和司礼监双轨辅政的局面，也给宦官干政埋下了祸根。
嘉靖二十六年，朱厚熜借杨继盛进呈《流民图》被黄锦殴打一事，收回了司礼监的批红大权，增加了内阁的事权。同时，为防内阁辅臣弄权窃国，又设立了隶属自己的御前办公厅，遴选才干出众的年轻官员当秘书，协助自己处理日常政务。各部院司寺和两京一十三省的奏折公文，如果不是十分紧要，通常就先由御前办公厅当值的秘书们先看，而后发回内阁拟票呈进。朱厚熜在钤印批准之时，如有疑问，就可以咨之于自己的这些秘书。由于御前办公厅实质上是内阁之外，辅佐皇上处理国政的因而御前办公厅又被官场中人戏称为“小内阁”。那些位卑权重、朝夕侍奉御前的办公厅秘书，更被朝野内外目之为“储相”，比以前的翰林院庶吉士更引人注目。
如此叠床架屋，朝廷的运转效率其实并没有提高，但让他聊以**的是，一来除了严世蕃这个特例，御前办公厅那些科甲正途出身的青年官员们不但学识过人，最难得是步入仕途时日尚浅，未曾受到太多官场陋习的侵染，品行操守都还算不错；二来他重点培养的高拱、张居正等人都是青史留名的国家栋梁之才，尽早接触和参与军国大政，对他们日后柄国执政不无裨益。
今日朱厚熜留下了三份奏折，都是他认为最紧要的。首先被他打开的，是太医院记名医正李时珍寄自吕宋的密札。
历史上，人类的大迁徙大移动，曾经引发了不止一次的大瘟疫，比如说西班牙殖民者带去的天花、鼠疫等传染病就夺去了几千万毫无抵抗力的印第安人的生命，曾经盛极一时的印加文明从此一蹶不振。因此，去年南洋变乱，朝廷定议要派大军跨海远征、讨伐夷人，朱厚熜便亲下圣谕，命正在云贵一带“奉旨采药”的太医院记名医正李时珍率领太医院半数御医随军同行，又从福建、广东两省重金礼聘民间名医若干，为东海舰队官兵及大明海外侨胞诊病疗伤。也同样因此，方才看到通政使司转来的一堆奏折中有李时珍的密札，朱厚熜就不免紧张了起来，还以为军中发生了重大疫情，撇下其他奏折，率先打开了这份密札。
李时珍在密札中奏陈，远征军将士不服异国水土，军中突然流行一种怪病，逾千病患夜不能视物，数百位严重者手足溃烂、身体疲弱、萎靡不振。随营医官对此皆束手无策。他恳请皇上下旨征召天下能医妙方，为将士们解除病痛。同时，他还在密札之中弹劾远征军监军高拱和主将戚继光草菅人命，如此重大疫情竟然意欲欺瞒朝廷，他多次抗辩无果，不得不愤然上呈密札，奏陈君父。
还未看完李时珍的密札，朱厚熜就松了一口气，继续差点笑出声来——这不就是因为缺乏维生素B引起的脚气和夜盲症吗？就这样简单的病，朕自己都会治，让远征军将士们多吃些瓜果蔬菜、糙米粗粮就能补充所缺的维生素，还需要下旨征召天下能医妙方？
随即，他便收敛了脸上的嬉笑，心情也突然变得无比沉重起来：谁说这是简单的病？以明朝的医疗卫生水平，当然不可能知道什么维生素，难怪连李时珍这样的医国圣手都束手无策。自己不过是有其后几百年人类科技发展的积淀，也只是略知皮毛而已，有什么资格沾沾自喜地菲薄前人？而且，这么重要的一件事情，自己当初怎么就没有想到？貌似这种病症，就是当年美军在南太平洋作战时发现的，自己怎么偏偏就忘记了？大明将士远涉重洋，浴血奋战，为国家开疆拓土，可谓劳苦功高，却还要忍受病痛的折磨，这是自己的失职啊！
自责了好久，朱厚熜勉强为自己找到了开脱的理由：往昔明军根本没有一套完善的后勤供给系统，各省被征调出征的客军，军需供应由本省负责。各级地方官员和军中的粮秣官往往都要上下其手，大肆克扣军粮，为了补足运往军中的军粮数额，总是要买些糙米粗粝以次充好，甚至往米面之中掺杂大量的谷壳麦麸。军中将士吃起来如嚼沙砾，却在不知不觉中补充了所缺的维生素。这一次大军跨海远征，在自己的严厉督导下，大明王朝上上下下都对此无比重视；全权负责军需调用转运诸事的内阁资政夏言又是高