之上，由明太祖朱元璋亲自精心设计，由被百姓口耳相传几乎成半人半神一样的“神机军师”刘伯温规划，动用百万军民，历时21年修建而成的。
这偌大的一座宫城，作为皇权至高无上的象征，在明太祖朱元璋定都南京的当年，自然是庄严神圣，壮丽非凡的。然而，自从明成祖朱棣迁都北京之后，这里极少有接待皇帝巡幸的机会，经历了近两百年的闲置岁月，不免荒废失修，不复有昔年的威严气象了。就连那些一直有官员派驻的衙门，也只有几个部的门堂还算整齐，大部分都是任凭墙垣倾塌，荒草萋萋而无人过问。至于掌管皇族事务，正副堂官宗人令、左右宗正、左右宗人都是正一品的宗人府，更是因为吏部接管了它的职权，倒塌得只剩下几根门柱了。
嘉靖二十三年，江南叛乱，造逆的勋臣达官为了争抢拥戴之功而发生内讧，这里还曾遭受到前所未有的兵火浩劫，包括紫禁城在内的南京皇城也被烧得几乎成了一片白地。幸好在迅速平定了内讧，拥立建藩江西的益王朱厚烨为监国，建立了伪明政权之后，为了标榜正统，凝聚士心，伪明政权不惜耗费国帑，尽发南都及周边州县的青壮民夫日夜赶工，大兴土木，整修宫殿、官署，使原本凋敝残破，又遭受兵火浩劫的帝王之居和百官衙署在很大程度上恢复了旧观，重新显现出了昔日庄严宏伟的王者之气，南京紫禁城更成为了监国益王朱厚烨的燕居之地。
其后的嘉靖二十四年，刚刚从鞑靼围困京师的危局中解脱出来的朝廷——也正是此前被全天下人视为大明正朔，却突然被同为朱明子孙的一干藩王宗亲和诸多勋臣显贵抛弃的北京zf，倾全国之师南下平叛，以迅雷不及掩耳之势连克徐州等一系列重镇，又强渡长江天堑，从水陆三面包围了南京。把持伪明政权的勋臣魏国公徐弘君、信国公汤正中和诚意伯刘计成等三位谋逆首犯遁逃，益王朱厚烨以下，伪明政权的一干犯官罪员及叛军将士去冠卸甲，自缚请降，王师兵不血刃，克复南都。南京再次回归朝廷的掌握之中，这座历经两百年风雨的南京紫禁城，也因为它的主人远在千里之外的北京，再次陷入了宁静孤寂之中。
不过，正如这些年来动荡不安的朝局和剧烈变幻的社会一样，这种宁静孤寂注定不会持续多长时间，到了嘉靖二十九年五月份，就再次被打破了——一场声势绝对不亚于当年伪明政权的全面修缮工程，在宫城里紧急地施行起来。在长达一个多月的时间里，一队又一队的骡马大车从四面八方调集到这里，把满载的砖瓦木石运进宫门，又把堆积如山的各种垃圾废旧运了出来。宫城的几个侧门，终日进出着成群结队的太监、军士和工匠，他们各自在领班的驱使下，汗流浃背地忙碌着，显出疲于奔命的样子，使古旧而沉寂的城区，平添了一派紧张和慌乱……
原来，当今天子、御极天下已经二十九年的嘉靖皇帝，就要驾幸南京，拜谒祖宗陵寝了！
也就是说，这座庄严肃穆的宫城在经历了无数的风雨之后，终于迎来了它真正主人！