更成了皇上的机要秘书。朱厚熜经常就各项军国政务征询他们的意见，还明确要求他们畅所欲言。因此，高拱也并不矫情地以自己不敢在朝廷人事安排上随意置喙为理由逊谢，回答道：“回皇上，臣以为营团军监军杨博可堪当此大任。”
这个建议也甚为适当。杨博在就任营团军监军之前，便是兵部职方司正五品郎中，国朝青年文官之中，论军事素养，大概没有人能与他相提并论；加之高拱奉旨南下主持闽粤两省废弛海禁开办海市之后，他接任营团军监军，在平定江南叛乱之战中与戚继光密切配合，力劈徐州坚城，打开了全军南下的通道，其后又挥军强渡长江，为王师不战而下南京立下了汗马功劳，显示出了卓越的指挥才能和协调能力，由他出任明军总参谋长确实最为合适。
朱厚熜沉吟着说：“杨博的确是总参谋长的上佳人选。他是嘉靖八年的进士，曾在兵部任职近十年，历任职方司主事、员外郎和郎中，在平叛之役中又有大功，升侍郎资历也够了。若是李阁老、曾部堂没有异议，这事大致就这么定了。”
略微停顿了一下，朱厚熜又说：“设置总参谋部一事关于我大明整军备武之大计，非同小可，你该与李阁老、曾部堂并有司官员仔细商议酌定，拿出详细的章程出来，再征询张老国公、朱老国公等军中硕勋的意见，而后由朕看过颁旨允行。朕的意思，既是总参谋部，不再是那又穷又忙的职方司，品秩便要与兵工总署、军需供应总署相等，总参谋长也挂正三品兵部侍郎衔，以兵部堂官的名义发布命令，那些九边督抚、总兵才不会等闲视之。”
朱厚熜这么做可不仅仅只是为了抬高总参谋部的地位，构建起明军四总部的架构，还有一层不好明说的原因，就是为了补偿杨博——平叛王师一路高歌猛进，势如破竹，以摧枯拉朽之势一举剿平了江南叛乱，八十万叛军望风披靡，南京、凤阳两都不战而降，平叛军各位将士居功甚伟，尤其是作为全军先锋的营团军，力劈坚城徐州，打开全军南下的通道；其后又更是功勋卓著。可是，由于南直隶倡乱造叛的魏国公徐宏君、信国公汤正中和诚意伯刘计成三位首犯逃遁，未能收取全功，朝廷也不好给平叛军各位有功之人加官进爵，如今将杨博升任侍郎，也算是略为补偿了。
皇上起意要设立总参谋部，高拱便料想会有此节，因而也不惊诧，躬身应道：“臣遵旨。”
朱厚熜又说：“兵部设立总参谋部之后，在各军也可设置参谋部，甚或可在东海舰队先行一步作为试点，组建参谋部，以徐渭为参谋长，辅佐元敬执掌、指挥东海舰队，也就不必扰乱朝廷官制，如元敬奏疏中奏请的那样，将他改授军职了。肃卿，你意下如何？”
“微臣不知如东海舰队参谋部是几等衙门，参谋长是何品秩，恳请皇上予以明示。”
朱厚熜笑道：“朕就知道你高拱高肃卿还有此问。朕以为，参谋长为一军主将掌管、调动及指挥所部不可或缺的重要助手，主将有事则由参谋长代掌全军，战时还有指挥全军之责。以此而论，品秩也不宜过低，如东海舰队这等三品卫指挥使司建制的军队，参谋长就应是五品。”
高拱颇为踌躇了一番，才说：“诚如皇上所言，参谋长之职责任重大，徐渭虽通晓兵略，确有大才，但资历太浅，尚不足以担此大任，臣以为可委其为东海舰队参谋，另择资深望重之人出任参谋长，如此则较为适宜。”