自嘉靖二十二年二月二十四日早朝，朱厚熜宣布开创嘉靖新政起，经过内阁与各有关部门的反复斟酌推敲，几易其稿，各项政策终于敲定，陆续以法令的形式颁旨允行，并明发邸报刊行天下。
京察与考成法皇上已有明确要求，吏部秉承圣意，参照祖制制定具体的实施细则即可，自不必细说，税制改革方面的几大举措让内阁及户部有司着实花了很多心思，也费了很大气力。
一是子粒田征税。
由于面对的是宗室勋戚豪强，依内阁与户部的本意，是要等全国清田结束之后再徐图推行。但以清田基本结束的北直隶、山东、湖广等省为例，勘察核实田亩比上一次嘉靖八年清田多出近六十顷，却有一大半被势豪大户隐匿。勋戚豪强以权谋私大肆鲸吞土地，数量如此之大，令早已对土地兼并日益恶化形势有了心理准备的朱厚熜也瞠目结舌，因此便不允内阁所奏，也驳回了一干写帖求见跪哭请愿的宗亲贵戚。为了防止那些权贵伺机反扑日久生变，他还责令户部有司立即制订配套的法令，不但将吕芳提出的那些问刑条款全部囊括了进去，自己还亲自动手改定了下面这一段：
“嘉靖二十二年议准，勋戚庄田，五服递减。勋臣止于二百顷，已无容议。唯戚臣，如始封本身为一世，子为二世，孙为三世，曾孙为四世，曾孙之子为五世。以今在官品为始，以今在留地数为准。系二世者，分为三次递减；系三世者，分为二次递减；至五世，留一百顷为世业。如正派已绝，爵级已革，不论地亩多寡，只留五顷于旁支看守坟茔之人。
又题准，勋戚庄田，有司照例每亩依民田之半征取赋税，如有违抗不徼、纵容家人下乡占种民地，及私自征收田赋，多勒租银者，听屯田御史参究查办。”
大明开国百多年来，勋臣贵族一直是土地最大的拥有者，这些人自恃有皇亲身份、朝廷庇护，在地方上扰民害民横征暴敛，百姓甚或地方官府都身受其害，苦不堪言。如今皇上亲自主持制订的法令，对这些天潢贵胄不仅限田，而且还要逐代减田，如此严厉对待权贵、限制豪强兼并土地，也只在朱元璋开国之初才有过，此后的皇帝特别是正统年间以来，几乎所有制定颁行的法律都没有对豪强势力真正作出有效的限制和惩罚的措施。如今嘉靖新政首先向这些巨室挑战，对那些敢于偷逃国税的不法宗亲勋贵，进行严厉制裁绳之以法。这道法令一颁布，立刻在两京一十三省的宗室勋戚豪强间引起了一片喧嚣，以荆王朱厚纲为首的几个亲王联名向朝廷上表，要求废除新法，他们当然不敢明着攻讦皇上，只要求将“以下犯上、欺凌天亲”的户部尚书马宪成及为虎作伥的内阁大学士夏言罢黜。能为了父母尊号跟朝臣一闹二十年，更制造出“左顺门事件”这样的惨剧，嘉靖本就是一个蛮不讲理之人，朱厚熜也就不跟这个不识时务的堂弟客气，直接以“藩王妄言干政”的罪名将他的爵位削一等降为郡王，超过郡王待遇基本标准的田地全部没收入官，其他署名复议者也受到了不同程度的处罚。另有汉王朱厚憬在家里请仙跳神被锦衣卫侦知，查获了他企图魔魇咒杀皇上的桃木人偶。又好气又好笑的朱厚熜更不跟他废话，依大明律法和前朝旧例革其王爵废为庶人，圈禁在一个破破烂烂的小院子里，将他名下近五万顷田地全部收没入官，或分发给庄户或发卖，倒也得了一注大财。有荆王、汉王的前车之鉴，其他藩王再次看到了皇帝的铁腕和寡恩，赶紧上表请罪，乖乖地交出了名下并非皇家所赐的田地。
二是推行一条鞭法。
一条鞭法是将一州一县的所有田赋、徭役以及各种杂差和贡纳，统统归并于一条，折成银两交纳，官收官解。此前，农民交徼田赋，均是谷麦实物，按田亩所摊的徭役也必须由农民亲自出差。每到缴纳赋税之日，粮船粮车不绝于道途，各地官仓满溢为患。由乡及县，由县及府再到各地官仓，不知道要耗费多少运力差役，又不知道因沿途耗损，各级官吏层层盘剥，给农民平白增加了多少负担！“一条鞭法”一改历朝历代实物纳赋为银钱交税，既便于百姓又利于朝廷。因此朱厚熜便在责令有司加紧清田的同时，迫不及待地宣布在全国推行一条鞭法，以国家法律的形式将中国实行了两三千年的实物田赋送下了历史舞台。
这一划时代的改革并不是朱厚熜的主张，也不是张居正的首创，最早提出一条鞭法改革设想的是嘉靖九年的内阁大学士、“议礼派”领袖桂萼，他构想“以一切差银，不分有无役占，随田征收”，当时嘉靖皇帝准旨在南直隶的宁国、应天、苏州等府，湖广长沙府等全国部分州县试点。但自问世之初就引起了朝臣们激烈的争论，赞同者称为善政，反对者却说：“工匠及富商大贾皆以无田免役，唯农夫独受其苦。”骂之曰“农蠹”，双方各持一辞，争执不休，一条鞭法的推行也是时断时续。张居正改革之时，认识到要先行丈量土地清查田亩，才能避免反对者所指出的增加小户农家负担的问题，信奉“拿来主义”的朱厚熜自然也就照此办理了。
户部在清查田亩之初，曾制定出合理的度量衡，以三尺五寸为一步，二百四十步为一亩，命负