成协议：吏部、礼部、户部归东林党，兵部尚书的位置归袁崇焕，徐增寿升任五军都督府左都督，掌管京军各卫，齐振铭除了继续掌管锦衣卫之外，还兼任刑部尚书；工部尚书是朱由校早就许给刘子光的，君无戏言，不过刘子光却坚辞不受，声称有比自己更合适的人选，他推荐的人选正是宋应星，得知宋应星是《天工开物》的作者，并且主持研发了飞艇等物之后，朱由校欣然允诺。
东厂作为成祖皇帝开设的机构，自然不能随意撤废，而且这么多年以来，东厂的威名已经深入渗透到广大百姓和官员的心目中去了，这种品牌效应理应加以利用，所以臭名昭著的东厂得以保存，由小皇帝的心腹，当今的司礼监掌印太监魏忠贤兼任，主要职责是访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势。
刘子光的南厂虽然是太后设立的，但是从内到外的人员都很纯净，所以继续留存，仍由刘子光担任提督，主要职责是刺探敌国军情以及防止敌国细作对大明的渗透侦查，自此东厂和南厂的职责就明确分工了，一个主内，一个主外。给刘子光的感觉就像是美国的FBI和CIA一样。
五城兵马司的人选上稍微有了一点争执，锦衣卫、东厂对这个油水颇多的职位都很眼红，可最后还是被刘子光夺了去，因为人家的人马已经在事实上控制了五城兵马司，都指挥的位置根据刘子光的提议给了李岩，李岩立有侏杀杨波的大功，所以大家也都无话可说。
解决了这几个大头，余下的问题就好办了，诸如封爵、赐金以及其他人员的安排问题都交给礼部和吏部的老夫子们去研究吧。
这样的分配大家都比较满意，众人欢欢喜喜的磕头谢恩之后准备回府了，朱由校忽然想到了什么，开口问道：“刘爱卿，你在京城还没有府邸吧。”